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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004594

染色体: Chr02 坐标: 68441874-68453109 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004594
名称SmilChr02G004594
描述coiled-coil domain-containing protein SCD2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68441874 - 68453109 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008581
GeneID131008581
locus_tag-
NCBI NameLOC131008581
原始查询SmilChr02G004594

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述coiled-coil domain-containing protein SCD2-like
产物coiled-coil domain-containing protein SCD2-like
ArabidopsisAT3G48860 (AT3G48860)
coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824047]
identity=66.5; qcov=0.978; evalue=1.03e-172; confidence=high
RiceOs01g0928100
-
identity=62.4; qcov=0.773; evalue=2.08e-129; confidence=high
GOGO:0000911 (cytokinesis by cell plate formation)
KEGG-
PfamPF27823 (SCD2_helical_N); PF30610 (SCD2_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008581

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057791494.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057791495.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057791495.1
4 Phragmoplast Phragmoplast 0.20000 XP_057791494.1
5 Spindle Spindle 0.20000 XP_057791494.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68442122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B64,B66,B86,D6
Chr2:68442154 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B64,B66,B86,D6
Chr2:68442172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,C49,C79
Chr2:68442177 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 6 B110,B64,B66,B86,B98,D6
Chr2:68442204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,C26,C63,C76,C81
Chr2:68442209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B52,B86,C35
Chr2:68442217 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B110,B64,B66,B86,B98,D6
Chr2:68442235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr2:68442259 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 17 A3,B113,B119,B127,B132,B38,B52,B66,B84,B86,C31,C35,C49,C54,C70,C79,D3
Chr2:68442279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr2:68442354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:68442417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B101,B102,C72,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791494.1
567 aa
N
1
284
567
SCD2_helical_N
SCD2_C
C
PF27823 SCD2_helical_N 209-294 aa PF30610 SCD2_C 333-548 aa
XP_057791495.1
458 aa
N
1
229
458
SCD2_helical_N
SCD2_C
C
PF27823 SCD2_helical_N 209-294 aa PF30610 SCD2_C 333-436 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791494.1 Pfam PF27823 SCD2_helical_N Domain 209 294 8.1e-38 129.2 SCD2 N-terminal domain
XP_057791494.1 Pfam PF30610 SCD2_C Domain 333 548 2.4e-100 335.4 SCD2, C-terminal domain
XP_057791495.1 Pfam PF27823 SCD2_helical_N Domain 209 294 5.9e-38 129.7 SCD2 N-terminal domain
XP_057791495.1 Pfam PF30610 SCD2_C Domain 333 436 1.9e-41 142.9 SCD2, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935511.1
CTAATGAAACAAGACGGTACATTTTAATGCGTATAAATTTTGATATTTGACGATCAATTGAAGTGGGCACATCAAATTTCCACCCAATTTCTCCAAATCTCCTTCCGATTTCTCCTCGCCTTTGCCAGCGTCAACAGAAATTCTACATCCCTGATATCTAGCTGCCCCCACAAAACACGCACCTATACATACACCCATATACATATAAATATACATACAATCCAATTTTGTAATGAATCGGAAGAGGACCGAGAGTCCGG...
XM_057935512.1
CTAATGAAACAAGACGGTACATTTTAATGCGTATAAATTTTGATATTTGACGATCAATTGAAGTGGGCACATCAAATTTCCACCCAATTTCTCCAAATCTCCTTCCGATTTCTCCTCGCCTTTGCCAGCGTCAACAGAAATTCTACATCCCTGATATCTAGCTGCCCCCACAAAACACGCACCTATACATACACCCATATACATATAAATATACATACAATCCAATTTTGTAATGAATCGGAAGAGGACCGAGAGTCCGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008581
ATGAATCGGAAGAGGACCGAGAGTCCGGTCTACGCCCGCCAGTGGAGCGGCGGATCCAGCAGCACCGGTTCGTCCTCGCCTGCCGGATCACCGGCTCACCCCCGGTCCAGGCTCCCCCCTTCCGCCGGCGGGATGTCCACCATTAAGCGGACTCAGAACGTCGCCGCCAAGGCGGCGGCGCAGCGGCTGGCGCTCGTCATGGCGTCCAAGACTCCCAACGATGACGACGAGGACGAAGACGATGATCTCGGCTTCCGCTT...
LOC131008581
ATGAATCGGAAGAGGACCGAGAGTCCGGTCTACGCCCGCCAGTGGAGCGGCGGATCCAGCAGCACCGGTTCGTCCTCGCCTGCCGGATCACCGGCTCACCCCCGGTCCAGGCTCCCCCCTTCCGCCGGCGGGATGTCCACCATTAAGCGGACTCAGAACGTCGCCGCCAAGGCGGCGGCGCAGCGGCTGGCGCTCGTCATGGCGTCCAAGACTCCCAACGATGACGACGAGGACGAAGACGATGATCTCGGCTTCCGCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791494.1
MNRKRTESPVYARQWSGGSSSTGSSSPAGSPAHPRSRLPPSAGGMSTIKRTQNVAAKAAAQRLALVMASKTPNDDDEDEDDDLGFRFAAPPAPMSASNNTSVNRSDSGNNGGGFSGISLTKPNRSPSPALGRNFMDINPPVRSTSAGRPSMSVRTGTNTVAPPSRSSLKTPVTIPPIEPPSSRLREKRFVPDIGRDLKGSDNQLEASALRDELDMLQEENEVILDKLRHADEKREEAEARARELEKQVASLGEGVSLEAK...
XP_057791495.1
MNRKRTESPVYARQWSGGSSSTGSSSPAGSPAHPRSRLPPSAGGMSTIKRTQNVAAKAAAQRLALVMASKTPNDDDEDEDDDLGFRFAAPPAPMSASNNTSVNRSDSGNNGGGFSGISLTKPNRSPSPALGRNFMDINPPVRSTSAGRPSMSVRTGTNTVAPPSRSSLKTPVTIPPIEPPSSRLREKRFVPDIGRDLKGSDNQLEASALRDELDMLQEENEVILDKLRHADEKREEAEARARELEKQVASLGEGVSLEAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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