Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004631

染色体: Chr02 坐标: 68787451-68789667 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004631
名称SmilChr02G004631
描述bet1-like protein At4g14600
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68787451 - 68789667 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008626
GeneID131008626
locus_tag-
NCBI NameLOC131008626
原始查询SmilChr02G004631

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述bet1-like protein At4g14600
产物bet1-like protein At4g14600
ArabidopsisAT4G14600 (AT4G14600)
Target SNARE coiled-coil domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827108]
identity=61.8; qcov=1.02; evalue=3.43e-51; confidence=high
RiceOs07g0577900
-
identity=63.7; qcov=1.02; evalue=2.85e-50; confidence=medium
GO-
KEGGsmil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008626

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057791548.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.60000 XP_057791548.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057791548.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057791548.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791548.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68787977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,B70
Chr2:68787990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr2:68788017 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B133,B70
Chr2:68788017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,B70
Chr2:68788022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr2:68788043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935565.1
CAAACAAAAATGGAAAAGCCGCCCCAAACCCAAACTCAAACTCCACCCCTACCGCCCCAAAACAAATCCCATATTTTCGCACATCTTCTCCATCTTCCCAACAAGCCACAGCAGCGAGGATTTTTGCAGGTATTTTTTTTTTTGTTATAATTCCGTCGCGTGTGAAACACGCGGAAGCCATCAAATCGAGCCAACCCGGCGCGCCAGCCCGCCTCCCACCTTTAAGCGCCGCCTCGAGTCGGCACTAATTGTAGAGTTTT...
XM_057935566.1
AAACAAAAATGGAAAAGCCGCCCCAAACCCAAACTCAAACTCCACCCCTACCGCCCCAAAACAAATCCCATATTTTCGCACATCTTCTCCATCTTCCCAACAAGCCACAGCAGCGAGGATTTTTGCAGAGCTTTTTCCCTGATTTTTGGAATTCGTAGAGTTTTTCAACGTAATATCTAATGGCTGGCCCGTATCGATCGAGAGAGGGATTAAGCACCAGATCGGCGGCGTTTGGTGGCAATTCAGATGAGTTTCAGGTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008626
ATGGCTGGCCCGTATCGATCGAGAGAGGGATTAAGCACCAGATCGGCGGCGTTTGGTGGCAATTCAGATGAGTTTCAGGTGCGAATCGAGCCCGACTTTGACGAGGAGGTCAGCGGTCTTCGCAAGCAAGTTCGACGGTTACGTGATGTAGCTCAAGACATCGAGACAGAAGCTAAGTTTCAGAATGATTTCCTTAATCAATTGCAAATGACATTGATCAAAGCTCAGGCTGGGGTGAAAAACAACATGAGGAGACTGAA...
LOC131008626
ATGGCTGGCCCGTATCGATCGAGAGAGGGATTAAGCACCAGATCGGCGGCGTTTGGTGGCAATTCAGATGAGTTTCAGGTGCGAATCGAGCCCGACTTTGACGAGGAGGTCAGCGGTCTTCGCAAGCAAGTTCGACGGTTACGTGATGTAGCTCAAGACATCGAGACAGAAGCTAAGTTTCAGAATGATTTCCTTAATCAATTGCAAATGACATTGATCAAAGCTCAGGCTGGGGTGAAAAACAACATGAGGAGACTGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791548.1
MAGPYRSREGLSTRSAAFGGNSDEFQVRIEPDFDEEVSGLRKQVRRLRDVAQDIETEAKFQNDFLNQLQMTLIKAQAGVKNNMRRLNKSIVWEGSSHVMHVVLFALLLFFVVYLLAKISRR
XP_057791549.1
MAGPYRSREGLSTRSAAFGGNSDEFQVRIEPDFDEEVSGLRKQVRRLRDVAQDIETEAKFQNDFLNQLQMTLIKAQAGVKNNMRRLNKSIVWEGSSHVMHVVLFALLLFFVVYLLAKISRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器