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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004639

染色体: Chr02 坐标: 68839510-68851822 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004639
名称SmilChr02G004639
描述lipase-like PAD4
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68839510 - 68851822 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008632
GeneID131008632
locus_tag-
NCBI NameLOC131008632
原始查询SmilChr02G004639

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lipase-like PAD4
产物lipase-like PAD4
ArabidopsisAT3G52430 (PAD4)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824408]
identity=38.2; qcov=0.967; evalue=4.47e-117; confidence=medium
RiceOs11g0195500 (PAD4)
-
identity=38; qcov=0.914; evalue=1.73e-97; confidence=medium
GOGO:0006629 (lipid metabolic process)
KEGG-
PfamPF01764 (Lipase_3); PF18117 (EDS1_EP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008632

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791555.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057791555.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057791556.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791555.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791555.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68850227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C9
Chr2:68850230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C9
Chr2:68850232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C9
Chr2:68850240 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B6,C9
Chr2:68850240 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B6,C9
Chr2:68850252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C9
Chr2:68850278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C9
Chr2:68850353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr2:68850550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B65,B81
Chr2:68850587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B65,B81,B87
Chr2:68850604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B97,C32,C61,C68
Chr2:68850630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B1,B46,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791555.1
584 aa
N
1
292
584
Lipase_3
EDS1_EP
C
PF01764 Lipase_3 98-199 aa PF18117 EDS1_EP 355-561 aa
XP_057791556.1
582 aa
N
1
291
582
Lipase_3
EDS1_EP
C
PF01764 Lipase_3 96-197 aa PF18117 EDS1_EP 353-559 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791555.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 98 199 6.7e-18 65.7 Lipase (class 3)
XP_057791555.1 Pfam PF18117 EDS1_EP Domain 355 561 2.3e-71 240.5 Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain
XP_057791556.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 96 197 6.6e-18 65.7 Lipase (class 3)
XP_057791556.1 Pfam PF18117 EDS1_EP Domain 353 559 2.3e-71 240.5 Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935573.1
CCTTAGTAGTACGGAACGCTGGTGAAAAATGAAAAATAACAGGAAGGAAGAAAGCGACAGTTGCAATATTAGAATTTACACTTGAAAAGTGGGGAATGCATTATAGTCTCCCCACGCACACGTTCAACCAAATCCAATGGCGCCCGAAACTTCGCAGTTCGAGTCGTGCGAGATGCTGGGAGCGTTTCTGGCCTCCACGCCGCTCGTGGAGGAGACGTGGCGGCTCTGCCGCCGCGCCGACGCCGACGCGCAGCGGAGCT...
XM_057935572.1
ATGAATAATAATCTGAATTCATATAGGTTCGAGTCGTGCGAGATGCTGGGAGCGTTTCTGGCCTCCACGCCGCTCGTGGAGGAGACGTGGCGGCTCTGCCGCCGCGCCGACGCCGACGCGCAGCGGAGCTTCGTCGCGCAAGAGTCCGGGAGAGTGTCGTACGTGGCGTTTTCCGGCGTGCAAGCGGTGGCGCGGTCGCGGGATATGGTGGAGTTGGATGAGAAAGTTTTCGGGTGGTTTAGGCGGGGTGTGGAAGGCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008632
ATGGCGCCCGAAACTTCGCAGTTCGAGTCGTGCGAGATGCTGGGAGCGTTTCTGGCCTCCACGCCGCTCGTGGAGGAGACGTGGCGGCTCTGCCGCCGCGCCGACGCCGACGCGCAGCGGAGCTTCGTCGCGCAAGAGTCCGGGAGAGTGTCGTACGTGGCGTTTTCCGGCGTGCAAGCGGTGGCGCGGTCGCGGGATATGGTGGAGTTGGATGAGAAAGTTTTCGGGTGGTTTAGGCGGGGTGTGGAAGGCAAAGGAGC...
LOC131008632
ATGAATAATAATCTGAATTCATATAGGTTCGAGTCGTGCGAGATGCTGGGAGCGTTTCTGGCCTCCACGCCGCTCGTGGAGGAGACGTGGCGGCTCTGCCGCCGCGCCGACGCCGACGCGCAGCGGAGCTTCGTCGCGCAAGAGTCCGGGAGAGTGTCGTACGTGGCGTTTTCCGGCGTGCAAGCGGTGGCGCGGTCGCGGGATATGGTGGAGTTGGATGAGAAAGTTTTCGGGTGGTTTAGGCGGGGTGTGGAAGGCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791555.1
MNNNLNSYRFESCEMLGAFLASTPLVEETWRLCRRADADAQRSFVAQESGRVSYVAFSGVQAVARSRDMVELDEKVFGWFRRGVEGKGAVMVDAPLLQLFLSFYASLHFQQQISEVLKQSKSVVFGGHSVGGAIASLSALWLLSYIRTASPQHPISVLCITFGSPMLGNQSFSQAIIQERWDGNFCHVVAPHDLLPRLLSAPLASDMITTDEEKARLFNNALRKDEDEERCSYWPFGNYMFCSDKGAVCLDNATAILKFL...
XP_057791556.1
MAPETSQFESCEMLGAFLASTPLVEETWRLCRRADADAQRSFVAQESGRVSYVAFSGVQAVARSRDMVELDEKVFGWFRRGVEGKGAVMVDAPLLQLFLSFYASLHFQQQISEVLKQSKSVVFGGHSVGGAIASLSALWLLSYIRTASPQHPISVLCITFGSPMLGNQSFSQAIIQERWDGNFCHVVAPHDLLPRLLSAPLASDMITTDEEKARLFNNALRKDEDEERCSYWPFGNYMFCSDKGAVCLDNATAILKFLYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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