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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004655`

染色体: Chr02 坐标: 68969815-68971557 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004655`
名称	SmilChr02G004655
描述	U-box domain-containing protein 25-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	68969815 - 68971557 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008649`
GeneID	`131008649`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008649`
原始查询	`SmilChr02G004655`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U-box domain-containing protein 25-like
产物	U-box domain-containing protein 25-like
Arabidopsis	`AT3G19380` (PUB25) plant U-box 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821472] identity=33.4; qcov=0.99; evalue=1.81e-48; confidence=low
Rice	`Os04g0437300` (OsPUB38) - identity=40.1; qcov=1.13; evalue=7.75e-74; confidence=medium
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04564 (U-box); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF25598 (ARM_PUB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008649

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791587.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057791587.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791587.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791587.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791587.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:68970381`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr2:68970508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B20,B28,C62,C78
`Chr2:68970567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr2:68970672`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B52,C48
`Chr2:68970858`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,C42
`Chr2:68971127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C12,C47,D7
`Chr2:68971203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,C13,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791587.1

381 aa

190

381

U-box

zf-RING_UBOX

ARM_PUB

PF04564 U-box 8-79 aa PF13445 zf-RING_UBOX 14-50 aa PF25598 ARM_PUB 109-379 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791587.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	8	79	9e-21	74.5	U-box domain
`XP_057791587.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	14	50	1.1e-05	26.1	RING-type zinc-finger
`XP_057791587.1`	Pfam	`PF25598`	ARM_PUB	Repeat	109	379	2.5e-27	96.8	Plant U-box protein ARM repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935604.1
CAAAACATGGTTGTCTGTATTTTAATCAGATTGAAATTCAACAATTCAACTACTGTTTGGTGTATTCAAAATTGTAAGACACTTTGACTGGTAATTGTGTGGGCCCCCTCCCCTCGCTGCAATTATTCTATATCGATCATTAGTTGCCTCTAAAAAGTCTCGACCAGGGCGGATAAGCCCCAAATTTTTTCGGCCATTTTTTGTGTTTTTTTTTTATCTTCACTCAATTATCATCACCCCACCATTTAGACATCCCCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008649
ATGAAGTGTGAGGAAATCAGCATCCCTCCCTATTTCAGGTGCCCCATAAGCCTTGACTTGTTCAAAGATCCAGTCACTCTTTGGACCGGCCAGACTTACGACAGATCATGCATAGAAAAATGGCTTGCTGCCGGCAACTCTACCTGCCCTGTCACAATGCAGAAGCTCCATGACTCCTCATTGGTGCCTAACCACACGCTTCGCCATTTGATCCACGACTGGCTCAGCCTCCACTCCAATGGCTACAGCTCCCTCGACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791587.1
MKCEEISIPPYFRCPISLDLFKDPVTLWTGQTYDRSCIEKWLAAGNSTCPVTMQKLHDSSLVPNHTLRHLIHDWLSLHSNGYSSLDHKQTSIARIKQIIESDELALATKLLALEELQSLSQDLPHKNSCLITLGFFQMLLHQILGNAECNVMLVEKALSCALNLMPFSELGCLNIALKQDSKYAVFLSLLENGTVFVKKGLCLIIEAVSWEPQTKALCEELGKSDRIVRAIVDIVESEAVEAAIRALSALSSVESNREKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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