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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004681`

染色体: Chr02 坐标: 69137690-69140701 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004681`
名称	SmilChr02G004681
描述	uncharacterized SmilChr02G004681
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69137690 - 69140701 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008725`
GeneID	`131008725`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008725`
原始查询	`SmilChr02G004681`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0507500; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os01g0507500; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G71080` (AT1G71080) RNA polymerase II transcription elongation factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843448] identity=48.6; qcov=1.01; evalue=2.78e-74; confidence=high
Rice	`Os01g0507500` - identity=54.5; qcov=0.972; evalue=2.2e-86; confidence=high
GO	GO:0003711 (transcription elongation factor activity); GO:0032783 (super elongation complex); GO:0034243 (regulation of transcription elongation by RNA polymerase II); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF09816 (EAF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008725

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791731.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057791731.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791731.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791731.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791731.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69138282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,C56,C65
`Chr2:69138958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B78,C43
`Chr2:69138960`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B3,C62
`Chr2:69139026`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B65,C49,C73
`Chr2:69140091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr2:69140098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C1
`Chr2:69140113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,C56,C65
`Chr2:69140238`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	48	A13,A18,A2,A21,A4,A7,B104,B105,B106,B119,B122,B125,B126,B134,B135,B137,B14,B23,B24,B25,B30,B35,B40,B52,B56,B6,B66,B73,B90,B92,B96,C21,C26,C29,C38,C47,C52,C58,C63,C64,C66,C67,C72,C73,C76,D2,D4,D7
`Chr2:69140281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B37,C58,C60
`Chr2:69140329`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	122	A11,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,B1,B10,B101,B103,B104,B107,B109,B110,B114,B115,B117,B121,B125,B127,B128,B129,B130,B136,B137,B138,B140,B15,B17,B18,B20,B21,B26,B3,B34,B37,B38,B39,B44,B47,B5,B51,B52,B54,B56,B57,B58,B60,B61,B65,B67,B7,B72,B75,B76,B79,B84,B85,B86,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B99,C10,C12,C13,C14,C18,C22,C27,C3,C30,C33,C34,C36,C37,C4,C41,C42,C43,C45,C48,C49,C50,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C73,C74,C75,C76,C77,C8,C81,C82,C83,D1,D10,D11,D3,D4,D8,D9
`Chr2:69140350`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	151	A10,A15,A16,A18,A2,A20,A22,A24,A25,A4,A5,A6,A7,B1,B10,B100,B101,B103,B104,B107,B108,B109,B11,B110,B115,B117,B119,B120,B121,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B132,B133,B136,B137,B138,B140,B15,B17,B18,B19,B20,B21,B22,B26,B29,B3,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B47,B5,B51,B52,B54,B56,B57,B58,B60,B61,B64,B65,B66,B67,B68,B7,B72,B75,B76,B79,B80,B81,B84,B85,B86,B87,B89,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C15,C18,C22,C24,C27,C3,C30,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C45,C48,C49,C50,C53,C54,C55,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C65,C7,C70,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,D1,D10,D11,D3,D4,D6,D8,D9
`Chr2:69140384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791731.1

283 aa

142

283

EAF

PF09816 EAF 16-113 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791731.1`	Pfam	`PF09816`	EAF	Domain	16	113	5.6e-23	82.0	RNA polymerase II transcription elongation factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935748.1
TAAAAATTGAGTACTTTTATGGAATTTTTTCTTCTTCTGGTCCAACTGTTGTATTGATTGTGTTAGATGGTGTTAGACTTGTTGATGGCGGAGTGATGTCATTTGGATATGGCTATGTTTCTGTATGAAATTACGAGGAAGTTAGATTATGGTGAAGTTGCTATTCTAAATTTGGCTCAGTGTAACTTCATCCAATTCTGACCTCTGGAGAATAATTTGCGGCTGAACAGCTTAGTTTTGGATCAGAAATTTGGGTACAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008725
ATGAACTCGAGTGAACCGAGCACTGCACCCCAAGCCGAACGGTGGTACAATCTAACCCTAGGCTCCTCCTTCAGTGATCACAATCCATCAAAATTTTGCACTTTTCGCTACGAGTTCAAGCCAGCATCCATCGATAAGAATCAGCGAGGCACCCTGCACAAGAGAAAGGATAATAAGGTCTCTGTGGAGTTTCAAAATATACAACCTGGGAGGCCTAAGGTAACCTTCGAGGGCACTAGTGAGGATTGCAAGGATAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791731.1
MNSSEPSTAPQAERWYNLTLGSSFSDHNPSKFCTFRYEFKPASIDKNQRGTLHKRKDNKVSVEFQNIQPGRPKVTFEGTSEDCKDNDAVLFFDGESFRLERLHRAVKRLRHNRIMGESAGSGSGPGVASVGMADASLPPIAKGIKHKPLNKESFPALSVEVERIEIGDFRSLDARPIPEKTAEAQPSPDEEDLDIMNADEDDGGTIEVKELDFDINIPHQTDTDEEIADFDDDEADKGPNAAEALRAQVKAQEGEGQTST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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