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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004690

染色体: Chr02 坐标: 69212465-69234529 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004690
名称SmilChr02G004690
描述protease Do-like 7
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69212465 - 69234529 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008666
GeneID131008666
locus_tag-
NCBI NameLOC131008666
原始查询SmilChr02G004690

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protease Do-like 7
产物protease Do-like 7
ArabidopsisAT3G03380 (DEG7)
DegP protease 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821268]
identity=73.1; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0712000 (OsDegp2)
-
identity=72.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00595 (PDZ); PF12812 (PDZ_1); PF13180 (PDZ_2); PF13365 (Trypsin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008666

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057791612.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057791612.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791612.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791612.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791612.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69212734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B111,B118,B45
Chr2:69212735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B107,B62,B66
Chr2:69212759 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 52 A13,A16,A20,A23,A3,A4,A7,A9,B106,B112,B115,B121,B128,B13,B138,B15,B19,B2,B20,B26,B28,B30,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B46,B52,B6,B61,B63,B66,B67,B69,B91,C16,C2,C22,C31,C32,C37,C42,C43,C46,C58,C60,C68,C71,D2,D6
Chr2:69212761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr2:69212844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B84,C31,D10
Chr2:69213086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B126,B71,C57,C62,D5
Chr2:69213702 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr2:69213702 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr2:69213705 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 D10
Chr2:69213705 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 1 D10
Chr2:69213748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:69213763 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791612.1
1110 aa
N
1
555
1110
Trypsin_2
PDZ
PDZ_2
PDZ_1
PDZ_1
C
PF13365 Trypsin_2 71-217 aa PF00595 PDZ 299-333 aa PF13180 PDZ_2 299-365 aa PF12812 PDZ_1 370-443 aa PF12812 PDZ_1 979-1054 aa
XP_057791613.1
919 aa
N
1
460
919
PDZ
PDZ_2
PDZ_1
PDZ_1
C
PF00595 PDZ 108-142 aa PF13180 PDZ_2 108-174 aa PF12812 PDZ_1 179-252 aa PF12812 PDZ_1 788-863 aa
XP_057791614.1
919 aa
N
1
460
919
PDZ
PDZ_2
PDZ_1
PDZ_1
C
PF00595 PDZ 108-142 aa PF13180 PDZ_2 108-174 aa PF12812 PDZ_1 179-252 aa PF12812 PDZ_1 788-863 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791612.1 Pfam PF13365 Trypsin_2 Domain 71 217 2.6e-24 87.4 Trypsin-like peptidase domain
XP_057791612.1 Pfam PF00595 PDZ Domain 299 333 1.4e-12 48.5 PDZ domain
XP_057791612.1 Pfam PF13180 PDZ_2 Domain 299 365 5.1e-13 49.8 PDZ domain
XP_057791612.1 Pfam PF12812 PDZ_1 Domain 370 443 1.7e-27 95.9 PDZ-like domain
XP_057791612.1 Pfam PF12812 PDZ_1 Domain 979 1054 1.7e-27 95.9 PDZ-like domain
XP_057791613.1 Pfam PF00595 PDZ Domain 108 142 7.1e-13 49.5 PDZ domain
XP_057791613.1 Pfam PF13180 PDZ_2 Domain 108 174 2.2e-13 51.0 PDZ domain
XP_057791613.1 Pfam PF12812 PDZ_1 Domain 179 252 1e-27 96.7 PDZ-like domain
XP_057791613.1 Pfam PF12812 PDZ_1 Domain 788 863 1e-27 96.7 PDZ-like domain
XP_057791614.1 Pfam PF00595 PDZ Domain 108 142 7.1e-13 49.5 PDZ domain
XP_057791614.1 Pfam PF13180 PDZ_2 Domain 108 174 2.2e-13 51.0 PDZ domain
XP_057791614.1 Pfam PF12812 PDZ_1 Domain 179 252 1e-27 96.7 PDZ-like domain
XP_057791614.1 Pfam PF12812 PDZ_1 Domain 788 863 1e-27 96.7 PDZ-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935629.1
AAAATAAATAAATAAAGAGCTAAAAGCTGAAAATGAGAAAGCAAGCAGATTTCCGATCCTAAAAAGTAAAAAGCGAGCAATAAATCAACAGAATCCGCCGACAGAGTCGCCGGAATATCCTTGTTCGGATTTCCTCCAACCTAATTGTTTCGCAAACTCAGAGAGAGAGAGAGGGGGGGAGAGAGATCAATTGTAATAAGGTAGAGTTTCTGTGTTGGTATAGGAAACTAAGAAATGGAGAGGTTGGGATCGGAGGCGGC...
XM_057935631.1
GATATATAGAGACCCTGACTATGTGATGGATATTCTATGGAAAACTGTACAACCGTAACCTTTAGACCATAGCTGCAGCTGATCATTACAAACTGGTTCATGATTTCGGCTTCTTCCTTTACGACCCTTCTGCTATACAATTCCTTAGCTATGATGAGATCCCTCTTGCTCCTGAGGCTGCATGTGTGGGGCTTGAAATTCGGGTGGTCGGAAATGATAGTGGTGAAAAGGAACTCTTGCTCGTTTGGATAGAGATGCTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131008666
ATGGAGAGGTTGGGATCGGAGGCGGCGTTGGCGGGGATGGAGGCGAGCATGAAGGAGGATCTCTCCATGGAGATTGACCCGCCCTTCAAGGAGAATCTCGCCACCGCAGAGGACTGGCGGAAGGCACTCAACAAGGTGGTTCCCGCCGTCGTCGTCCTCCGCACAACTGCCTGCCGCGCCTTCGACACTGAGTCCGCCGGTGCGTCATACGCCACCGGCTTCGTCGTCGACAAGTCCCGTGGAATTATTCTTACGAACCG...
LOC131008666
ATGCAAGCAGCTTCTGGGACGAAAGGTGGTTCAAGTGGCTCTCCTGTAATTGACTGGCAAGGTAGAGCAGTTGCCTTGAATGCTGGGAGCAAGACATCCAGTGCTTCAGCATTTTTCTTACCTTTGGAAAGAGTTGTGAGAGCCTTAGGATTCTTGCAAAGAGGCAGAGGATCCATTAGCAACACATGGGAGGCTGTCACCATTCCCCGTGGTACGCTGCAGGCTACATTTCTTCACAAAGGATTTGATGAGACGCGTAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057791612.1
MERLGSEAALAGMEASMKEDLSMEIDPPFKENLATAEDWRKALNKVVPAVVVLRTTACRAFDTESAGASYATGFVVDKSRGIILTNRHVVKPGPVVAEAMFVNREEIPVYPIYRDPVHDFGFFLYDPSAIQFLSYDEIPLAPEAACVGLEIRVVGNDSGEKVSILAGTLARLDRDAPHYKKDGYNDFNTFYMQAASGTKGGSSGSPVIDWQGRAVALNAGSKTSSASAFFLPLERVVRALGFLQRGRGSISNTWEAVTIP...
XP_057791613.1
MQAASGTKGGSSGSPVIDWQGRAVALNAGSKTSSASAFFLPLERVVRALGFLQRGRGSISNTWEAVTIPRGTLQATFLHKGFDETRRLGLGSETEQLVRLASPPGETGMLVVDSVVPGGPAHKHLEPGDVLIRLNGEVSTQFLKMETLLDDNVNNKIELQIERGGKPLTVDLTVQDLHSVTPDYFLEVSGAIIHPLSYQQARNFRFQCGLVYVAEQGYMLFRAGVPRHAIIKKFAGEDITKLDDFISVLSKLSRGARVPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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