当前解析结果
SmilChr02G004695| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004695 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004695 |
| 描述 | 54S ribosomal protein L37, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 69290475 - 69291092 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008758 |
|---|---|
| GeneID | 131008758 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008758 |
| 原始查询 | SmilChr02G004695 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 54S ribosomal protein L37, mitochondrial-like |
| 产物 | 54S ribosomal protein L37%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT5G14290 (AT5G14290)Mitochondrial ribosomal protein L37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831279] identity=63.6; qcov=1.01; evalue=1.05e-53; confidence=high |
| Rice | Os12g0244200- identity=61.1; qcov=1; evalue=2.52e-48; confidence=medium |
| GO | GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005762 (mitochondrial large ribosomal subunit) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF08561 (Ribosomal_L37) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008758 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057791775.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.20000 | XP_057791775.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791775.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791775.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791775.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:69290820 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,B68,C1 |
Chr2:69290832 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B133,B134,B81 |
Chr2:69290870 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C13 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791775.1PF08561
Ribosomal_L37 50-129 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791775.1 |
Pfam | PF08561 |
Ribosomal_L37 | Family | 50 | 129 | 9.2e-25 | 87.3 | Mitochondrial ribosomal protein L37 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。