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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004697

染色体: Chr02 坐标: 69296515-69298752 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004697
名称SmilChr02G004697
描述prohibitin-3, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69296515 - 69298752 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008728
GeneID131008728
locus_tag-
NCBI NameLOC131008728
原始查询SmilChr02G004697

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述prohibitin-3, mitochondrial
产物prohibitin-3%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G40770 (PHB3)
prohibitin 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834077]
identity=78.6; qcov=0.989; evalue=1.41e-161; confidence=high
RiceOs02g0580500
-
identity=75.6; qcov=1; evalue=1.08e-156; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0007005 (mitochondrion organization); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF01145 (Band_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008728

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057791737.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057791737.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057791737.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057791737.1
5 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057791737.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69296865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr2:69296908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C35,C4
Chr2:69297331 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B131
Chr2:69297331 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B131
Chr2:69297344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:69297353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B33,C78
Chr2:69297368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A3,C32,C68
Chr2:69297551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C35,C4
Chr2:69297599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C35,C4
Chr2:69297860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A3,C2,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791737.1
279 aa
N
1
140
279
Band_7
C
PF01145 Band_7 34-220 aa
XP_057791738.1
279 aa
N
1
140
279
Band_7
C
PF01145 Band_7 34-220 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791737.1 Pfam PF01145 Band_7 Domain 34 220 1.3e-27 97.6 SPFH domain / Band 7 family
XP_057791738.1 Pfam PF01145 Band_7 Domain 34 220 1.3e-27 97.6 SPFH domain / Band 7 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935754.1
GGGCCTAATTAGGAGACCCGGCCCATACAGTTTTCCCAGGCGACAAGTTAGGGTTTAACACGCATTTTCTTGGGAAGAAATCTACTTCTCTCTCTATAAACCCTTCTTCCTCTTTCTCCCCTTAGAAACACTTCTCTCTAGATCATTCCATTTCCATTCCTCAACTACTTCTGCGAATTCGAATATGGCTAACGCGCAAAAAGCCGCAAATGTGCTGACGAACATAGCGCGCGCCGCCTTCGCCGTCGGAATCGGCGGTG...
XM_057935755.1
CCGGCCCATACAGTTTTCCCAGGCGACAAGTTAGGGTTTAACACGCATTTTCTTGGGAAGAAATCTACTTCTCTCTCTATAAACCCTTCTTCCTCTTTCTCCCCTTAGAAACACTTCTCTCTAGATCATTCCATTTCCATTCCTCAACTACTTCTGCGAATTCGAATATGGCTAACGCGCAAAAAGCCGCAAATGTGCTGACGAACATAGCGCGCGCCGCCTTCGCCGTCGGAATCGGCGGTGCCGCTGTCAATTCCTGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008728
ATGGCTAACGCGCAAAAAGCCGCAAATGTGCTGACGAACATAGCGCGCGCCGCCTTCGCCGTCGGAATCGGCGGTGCCGCTGTCAATTCCTGTCTCTACACCGTCGATGGCGGCCAACGCGCCGTCATCTTCGACCGTTTCCAAGGAGTCAAGCCAGATACCGTCGGCGAAGGAACCCACTTTTTGGTCCCGTGGCTTCAGAAACCCTTCATCTTCGACATCCGCACTCGCCCCCACACCTTCTCCTCCATTTCTGGCAC...
LOC131008728
ATGGCTAACGCGCAAAAAGCCGCAAATGTGCTGACGAACATAGCGCGCGCCGCCTTCGCCGTCGGAATCGGCGGTGCCGCTGTCAATTCCTGTCTCTACACCGTCGATGGCGGCCAACGCGCCGTCATCTTCGACCGTTTCCAAGGAGTCAAGCCAGATACCGTCGGCGAAGGAACCCACTTTTTGGTCCCGTGGCTTCAGAAACCCTTCATCTTCGACATCCGCACTCGCCCCCACACCTTCTCCTCCATTTCTGGCAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791737.1
MANAQKAANVLTNIARAAFAVGIGGAAVNSCLYTVDGGQRAVIFDRFQGVKPDTVGEGTHFLVPWLQKPFIFDIRTRPHTFSSISGTKDLQMVNLTLRVLSRPEVSRLSDIFQTLGLEYDEKVLPSIGNEVLKAVVAQFNADQLLTDRPHVSALVRESLIRRAKDFNIVLDDVAITHLSYGAEFSKAVEQKQVAQQEAERSKFVVMKAEQERRAAIIRAEGESESAKLISDATAAAGMGLIELRKIEAAKENAASMARNG...
XP_057791738.1
MANAQKAANVLTNIARAAFAVGIGGAAVNSCLYTVDGGQRAVIFDRFQGVKPDTVGEGTHFLVPWLQKPFIFDIRTRPHTFSSISGTKDLQMVNLTLRVLSRPEVSRLSDIFQTLGLEYDEKVLPSIGNEVLKAVVAQFNADQLLTDRPHVSALVRESLIRRAKDFNIVLDDVAITHLSYGAEFSKAVEQKQVAQQEAERSKFVVMKAEQERRAAIIRAEGESESAKLISDATAAAGMGLIELRKIEAAKENAASMARNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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