Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004705`

染色体: Chr02 坐标: 69348054-69351122 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004705`
名称	SmilChr02G004705
描述	protein WVD2-like 7
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69348054 - 69351122 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008694`
GeneID	`131008694`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008694`
原始查询	`SmilChr02G004705`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein WVD2-like 7
产物	protein WVD2-like 7
Arabidopsis	`AT3G27350` (AT3G27350) transcriptional regulator ATRX-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822356] identity=44.8; qcov=0.322; evalue=9.79e-31; confidence=low
Rice	`Os02g0558600` - identity=42.7; qcov=0.201; evalue=1.49e-14; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF06886 (TPX2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008694

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057791686.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057791686.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791686.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791686.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791686.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69348743`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,B85
`Chr2:69348752`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C78
`Chr2:69349008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B56,B68,B96,C33
`Chr2:69349310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C78
`Chr2:69350501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C58,C60
`Chr2:69350526`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr2:69350563`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C78
`Chr2:69350572`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:69350739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr2:69350754`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	108	A10,A16,A2,A21,A24,A3,A4,A6,A7,A8,A9,B103,B107,B109,B11,B111,B113,B114,B118,B121,B122,B126,B128,B13,B130,B133,B134,B135,B136,B2,B22,B23,B26,B27,B3,B31,B33,B36,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B48,B49,B50,B57,B59,B6,B61,B66,B68,B69,B70,B72,B73,B77,B79,B8,B83,B86,B88,B89,B9,B92,B93,B95,C10,C11,C12,C13,C17,C20,C21,C23,C24,C29,C3,C30,C31,C38,C39,C44,C45,C47,C52,C54,C56,C57,C58,C59,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C77,C84,C85,C86,C87,D1,D3,D8
`Chr2:69350758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B26
`Chr2:69350787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791686.1

478 aa

239

478

TPX2

PF06886 TPX2 336-402 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791686.1`	Pfam	`PF06886`	TPX2	Domain	336	402	1.3e-14	54.6	Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935703.1
CCCTCTCAAACGTCTGCTTTCATTTAAATTTCAAATTTACGTGCTAAAAGACAATCACTATTCATTACTTTCCAGAAATAAATAAAAACCCAACTTTCACACCACAACAAAGATTACATTTTTTCCTTCATGTTATGTACATAATAATCTCATCTCCATTCTGAAAAATCTCACTGCAACAATAATGGGAGATTCAGCTTGTCTCATGCATGGCTTCTCTTACACTTCTGCCCCCATTTCCAACCAATCAAAGCAGGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008694
ATGGGAGATTCAGCTTGTCTCATGCATGGCTTCTCTTACACTTCTGCCCCCATTTCCAACCAATCAAAGCAGGGGAATCCCATGCGTTTTCTCGGTGAATCAGTTTCTTTTGGAAGGTTTGTGAGTGAGCCCTTATCATGGGAGAAATGGTCCACATTTTCACACAAGAAATATGTGGAGGAGGCGGCGAGGTACGCGCAGCCGGGCTCCGTGGCGGAGAAGAAGGCTTTCTTTGAGGCTCATTACAAGAAACTTGCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791686.1
MGDSACLMHGFSYTSAPISNQSKQGNPMRFLGESVSFGRFVSEPLSWEKWSTFSHKKYVEEAARYAQPGSVAEKKAFFEAHYKKLAAQKAAAEAEAAALLEQENDARAQVERLAGENGDDDSKNSSANVIISGNDKKFTVESVDGASCSEGNGTPQIERPLLKGSCVGSEDTSSATSNKKHGLSSLKSSIRRKTWRVPSTPLTPHINNVSQSAKKSSVESMDKRRPSHKSLHGLINLVPIKDPDKELVSVAKKAAANFST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器