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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004710

染色体: Chr02 坐标: 69363678-69364754 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004710
名称SmilChr02G004710
描述early nodulin-like protein 21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69363678 - 69364754 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008751
GeneID131008751
locus_tag-
NCBI NameLOC131008751
原始查询SmilChr02G004710

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 21
产物early nodulin-like protein 21
ArabidopsisAT1G48940 (ENODL6)
early nodulin-like protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841316]
identity=48.8; qcov=0.725; evalue=1.65e-41; confidence=medium
RiceOs04g0673800 (OsENODL14)
-
identity=52.2; qcov=0.665; evalue=2.38e-39; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG-
PfamPF02298 (Cu_bind_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008751

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057791768.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791768.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791768.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791768.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791768.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69363854 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B21,B91,C55,C57
Chr2:69363865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B82,B86,D7
Chr2:69363881 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 30 A20,B106,B121,B128,B129,B132,B133,B17,B18,B24,B26,B36,B42,B43,B51,B55,B58,B61,B63,B64,B74,B80,B95,C28,C40,C42,C50,C51,C6,C77
Chr2:69363923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C13,C42,C5
Chr2:69363971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B68,C1,C46,C47
Chr2:69363972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B85,C56,C74,C85
Chr2:69364068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr2:69364119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,C72,D6
Chr2:69364408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A3,C2,C32,C68
Chr2:69364436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B55,B77,C23,C30,D11
Chr2:69364442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:69364457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B113,B129,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791768.1
167 aa
N
1
84
167
Cu_bind_like
C
PF02298 Cu_bind_like 45-120 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791768.1 Pfam PF02298 Cu_bind_like Domain 45 120 3.3e-21 75.8 Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935785.1
AACTGTTTTTGGCCACTAAACCACTATGTCGCTCCCACGTTCATCTCATAACCAAATTATTGTCAATAACTGCAACTATATACGTTAATCTTTAATTACTTCTCCCCCTCAAAACCAAAAGATTACTCCCATATTCCAATACAAAAAGATTACTCCCAAATATTTAACATCAATGGCGGCGTTCAAGTCAAGCTTTCTGGTCGTGGCGGCGTTCTGTTTGGTGTACCAGCTGCAGTTGTCTCATTGCACGGAGTTCGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008751
ATGGCGGCGTTCAAGTCAAGCTTTCTGGTCGTGGCGGCGTTCTGTTTGGTGTACCAGCTGCAGTTGTCTCATTGCACGGAGTTCGACGTAGGCGAGCGCGGAGGTTGGGCCGTTCCTCCGACCAACGACACTGATTTCTACGATAACTGGGCTTCCAAGAAAAGGTTTAAGGTTGACGACACCATAAGGTTCAAATACAAGAAAGATTCGGTGATGGAGGTGAAGAAAGGAGATTACAAAGAGTGCAACTCGAGCCGGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791768.1
MAAFKSSFLVVAAFCLVYQLQLSHCTEFDVGERGGWAVPPTNDTDFYDNWASKKRFKVDDTIRFKYKKDSVMEVKKGDYKECNSSRPNFFSNTGNTIYTLNRSGFFYFISGSTGHCEMGQRMIVWVVAQDGSGGTSHHASNSNTLNVSFSFGLLLVIFVFPFIFSLA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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