Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004713`

染色体: Chr02 坐标: 69400314-69401812 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004713`
名称	SmilChr02G004713
描述	BAG family molecular chaperone regulator 3-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69400314 - 69401812 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008753`
GeneID	`131008753`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008753`
原始查询	`SmilChr02G004713`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	BAG family molecular chaperone regulator 3-like
产物	BAG family molecular chaperone regulator 3-like
Arabidopsis	`AT5G14360` (AT5G14360) Ubiquitin-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831287] identity=72; qcov=0.677; evalue=8.44e-48; confidence=medium
Rice	`Os02g0597700` - identity=66.4; qcov=0.753; evalue=2.04e-47; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00240 (ubiquitin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057791770.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057791770.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057791770.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057791770.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791770.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69400514`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,A3,C2,C32,C68
`Chr2:69400525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr2:69400543`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:69400605`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D6
`Chr2:69400605`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D6
`Chr2:69400643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr2:69400694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B43,C31
`Chr2:69401380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791770.1

158 aa

158

ubiquitin

PF00240 ubiquitin 62-129 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791770.1`	Pfam	`PF00240`	ubiquitin	Domain	62	129	1e-10	41.9	Ubiquitin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935787.1
TATTTTAATGATCACAAATTTTGTCCACATATTCTCTCTCTCCACTCTCCTTCTATATAACTGCCCAATCCAACCAATCCCTTCCTCCTACTAACTGTGAGAAAAATAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCCAAGGGACAGAAAAATGATGAGGTTAAGGTCAAAGCGATTCTCCAGAAGCAATTCAAAGCTTTGTGGCGGCGGCGTTGGTGGTGGAGTAAATCCCGCCGCCACCATCGGCGGCGGAGAAATAAAATGGGAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008753
ATGATGAGGTTAAGGTCAAAGCGATTCTCCAGAAGCAATTCAAAGCTTTGTGGCGGCGGCGTTGGTGGTGGAGTAAATCCCGCCGCCACCATCGGCGGCGGAGAAATAAAATGGGAACTTAGGCCCGGCGGCATGCTTGTTCAGAAAAGAGAAAGTCAAGAAAACGCCGGCGAAGAGACGATGATCACCATTAGAGTCTCTACTGTCTCTAAATGGCATGATATGTCAATCCAACCCACCTCCACATTTGGAGAATTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791770.1
MMRLRSKRFSRSNSKLCGGGVGGGVNPAATIGGGEIKWELRPGGMLVQKRESQENAGEETMITIRVSTVSKWHDMSIQPTSTFGELKILLSILTKLEPHEQRLLFKGKEREDDEHLHMVGVRDKDKVLMLEDPAIKEGKLLGSARTRVIQAPYRTISV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器