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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004715

染色体: Chr02 坐标: 69409231-69414977 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004715
名称SmilChr02G004715
描述two-component response regulator-like APRR9
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69409231 - 69414977 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008724
GeneID131008724
locus_tag-
NCBI NameLOC131008724
原始查询SmilChr02G004715

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述two-component response regulator-like APRR9
产物two-component response regulator-like APRR9
ArabidopsisAT5G14370 (AT5G14370)
CCT motif family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831288]
identity=39.9; qcov=1.05; evalue=7.76e-47; confidence=medium
RiceOs02g0148000 (OsCCT03)
-
identity=39.6; qcov=0.468; evalue=1.21e-19; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF06203 (CCT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008724

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791727.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791727.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791727.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791727.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791727.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69410016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:69410027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:69410230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr2:69414005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr2:69414036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B17,B90,B92
Chr2:69414051 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 17 A19,A6,A8,B111,B112,B115,B118,B17,B21,B38,B39,B45,B47,B7,C47,C56,C65
Chr2:69414071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,C72,C80,C81
Chr2:69414110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:69414132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:69414140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:69414141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:69414155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791727.1
309 aa
N
1
154
309
CCT
C
PF06203 CCT 255-295 aa
XP_057791728.1
308 aa
N
1
154
308
CCT
C
PF06203 CCT 254-294 aa
XP_057791729.1
298 aa
N
1
149
298
CCT
C
PF06203 CCT 255-297 aa
XP_057791730.1
297 aa
N
1
148
297
CCT
C
PF06203 CCT 254-296 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791727.1 Pfam PF06203 CCT Motif 255 295 1.2e-15 58.0 CCT motif
XP_057791728.1 Pfam PF06203 CCT Motif 254 294 1.2e-15 57.9 CCT motif
XP_057791729.1 Pfam PF06203 CCT Motif 255 297 3.4e-18 66.1 CCT motif
XP_057791730.1 Pfam PF06203 CCT Motif 254 296 3.4e-18 66.1 CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935745.1
TGCGAGTGGCAACATCCAATCCAACCTAATAGGAAATCCAAAAAGCAAGAGCTATCTGCTAGCTAAACCAATCACATGCTACCACGTGTACGGAAGAAAGTTACTCCCACGCTGATCATCTTCTTCTTCGTACGTGACAATGGCAGTCACTGACCCCCCCACCCCTTTCCCCACCAACACATACACTTTTTTCTTCACTTGATAGATTGTTTCTGGTTTTCTCTCTCTCTCCATCTCCCCCAACTACACTATACTATGTG...
XM_057935744.1
TGCGAGTGGCAACATCCAATCCAACCTAATAGGAAATCCAAAAAGCAAGAGCTATCTGCTAGCTAAACCAATCACATGCTACCACGTGTACGGAAGAAAGTTACTCCCACGCTGATCATCTTCTTCTTCGTACGTGACAATGGCAGTCACTGACCCCCCCACCCCTTTCCCCACCAACACATACACTTTTTTCTTCACTTGATAGATTGTTTCTGGTTTTCTCTCTCTCTCCATCTCCCCCAACTACACTATACTATGTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131008724
ATGTGCAGCAGCAAAACTCCTGTCTCAATGAACAAGAAACGACGCCCTAGAGCTCGCAAATCCAGACTGTCTAAGCCTAAAAAGCCCAAATTCCTCAGCCTCCGCCGCCAGTTCCCGCCGAATGAGATGCATGCCCCCGTCGCTGATTCCCGCCAGCTCGACTTATTCCCGCTCCACCCCGACAACGATCGAGAAAGCCAGGATCAAGCGGAGAATGTCGCCCTATTTTTCTCAGCTGCGGACGGCGGCGCCACCACTCT...
LOC131008724
ATGTGCAGCAGCAAAACTCCTGTCTCAATGAACAAGAAACGACGCCCTAGAGCTCGCAAATCCAGACTGTCTAAGCCTAAAAAGCCCAAATTCCTCAGCCTCCGCCGCCAGTTCCCGCCGAATGAGATGCATGCCCCCGTCGCTGATTCCCGCCAGCTCGACTTATTCCCGCTCCACCCCGACAACGATCGAGAAAGCCAGGATCAAGCGGAGAATGTCGCCCTATTTTTCTCAGCTGCGGACGGCGGCGCCACCACTCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057791727.1
MCSSKTPVSMNKKRRPRARKSRLSKPKKPKFLSLRRQFPPNEMHAPVADSRQLDLFPLHPDNDRESQDQAENVALFFSAADGGATTLTGLLDNSSAVDSNSSHTINTSSRRLDYLSASSASLTYAYGEERAALVRTALRSRDRDSGEEKWVRYSEVVERKVKEEEVTSSSVDWWPAAAQRVSLKLDYDEIMNAWSNKGPLFVDAETSQIVPDAEHHFLSHHASTNGVSWDHKNSGLWTVPEIENGEEMKNILGQRKASVL...
XP_057791728.1
MCSSKTPVSMNKKRRPRARKSRLSKPKKPKFLSLRRQFPPNEMHAPVADSRQLDLFPLHPDNDRESQDQAENVALFFSAADGGATTLTGLLDNSSAVDSNSSHTINTSSRLDYLSASSASLTYAYGEERAALVRTALRSRDRDSGEEKWVRYSEVVERKVKEEEVTSSSVDWWPAAAQRVSLKLDYDEIMNAWSNKGPLFVDAETSQIVPDAEHHFLSHHASTNGVSWDHKNSGLWTVPEIENGEEMKNILGQRKASVLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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