Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004727`

染色体: Chr02 坐标: 69512346-69515629 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004727`
名称	SmilChr02G004727
描述	SUPPRESSOR OF GAMMA RESPONSE 1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69512346 - 69515629 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008709`
GeneID	`131008709`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008709`
原始查询	`SmilChr02G004727`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SUPPRESSOR OF GAMMA RESPONSE 1-like
产物	SUPPRESSOR OF GAMMA RESPONSE 1-like
Arabidopsis	`AT3G01600` (NAC044) NAC domain containing protein 44 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819872] identity=43.2; qcov=1.01; evalue=2.68e-91; confidence=medium
Rice	`Os02g0594800` (ONAC050) - identity=48.9; qcov=1.06; evalue=5.1e-120; confidence=high
GO	GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02365 (NAM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008709

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791704.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791704.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791704.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791704.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057791704.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69513023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr2:69513368`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:69513434`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr2:69513472`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B60,B79,C4,C75,D1
`Chr2:69513521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:69513527`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B25,B28,D8
`Chr2:69513548`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B101,B2,B29,D5
`Chr2:69513800`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B60,B79,C4,C75,D1
`Chr2:69513823`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B67,B85
`Chr2:69514666`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,D8
`Chr2:69514687`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B102,B124,B23,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791704.1

376 aa

188

376

NAM

PF02365 NAM 56-197 aa

XP_057791705.1

376 aa

188

376

NAM

PF02365 NAM 56-197 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791704.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	56	197	7.8e-24	85.2	No apical meristem (NAM) protein
`XP_057791705.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	56	197	7.8e-24	85.2	No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935722.1
CTTAACCGAGTGTAGAAAAGGGGGAAAGCATCCGACACTCTCTTCGCAACTTCAAATGAGAATGCATTTACTCATCTAAGAAATATTTGATCCCGGTTTTTTCTTATCCATGGCTAGGTCGTGGCTTATTGATAGTCGAGGGCTCGCGAAGAAGGTGATCAATGCTGGTCTCCCTGCTGCTTGTCAGATCAAAGATTGTGGGGCGAATAGGCGATGCCCCAACTGCCACCATCTAATAGACAACAGTGATGTTTCTCATG...

XM_057935721.1
GGAAAGCATCCGACACTCTCTTCGCAACTTCAAATGAGAATGCATTTACTCATCTAAGAAATATTTGATCCCGGTTTTTTCTTATCCATGGCTAGGTATAACGGGATGCGAATTTTGATTTAATATCGGATGATTTTATGCTGTTACTATCTCAAAAAATTCTTGAATGGATAGGTCGTGGCTTATTGATAGTCGAGGGCTCGCGAAGAAGGTGATCAATGCTGGTCTCCCTGCTGCTTGTCAGATCAAAGATTGTGGGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131008709
ATGGCTAGGTCGTGGCTTATTGATAGTCGAGGGCTCGCGAAGAAGGTGATCAATGCTGGTCTCCCTGCTGCTTGTCAGATCAAAGATTGTGGGGCGAATAGGCGATGCCCCAACTGCCACCATCTAATAGACAACAGTGATGTTTCTCATGAATGGCCTGGCCTTCCTGCTGGTGTAAAATTTGATCCATCTGATGTGGAGCTATTAAATCATTTAGCTGCAAAACGAGGCGTGGGGACATCGGAGCCCCACTTGTTCAT...

LOC131008709
ATGGATAGGTCGTGGCTTATTGATAGTCGAGGGCTCGCGAAGAAGGTGATCAATGCTGGTCTCCCTGCTGCTTGTCAGATCAAAGATTGTGGGGCGAATAGGCGATGCCCCAACTGCCACCATCTAATAGACAACAGTGATGTTTCTCATGAATGGCCTGGCCTTCCTGCTGGTGTAAAATTTGATCCATCTGATGTGGAGCTATTAAATCATTTAGCTGCAAAACGAGGCGTGGGGACATCGGAGCCCCACTTGTTCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057791704.1
MDRSWLIDSRGLAKKVINAGLPAACQIKDCGANRRCPNCHHLIDNSDVSHEWPGLPAGVKFDPSDVELLNHLAAKRGVGTSEPHLFIDEFIPTLKDEGGICCNHPENLPGAKKDGSSVHFFYRITNAYASGSRKRRRVQDQESPMNTRVRWHKTGKTKPVMENGIQRGFKKIMVLYETSKRGSKPDKCNWVMHQYHLGSDEDEKEGEYVVSKIFHQTDKDRNENPTMVMEESVDVKAVPVIPTTPKTTTPDPPRQDQTPY...

XP_057791705.1
MARSWLIDSRGLAKKVINAGLPAACQIKDCGANRRCPNCHHLIDNSDVSHEWPGLPAGVKFDPSDVELLNHLAAKRGVGTSEPHLFIDEFIPTLKDEGGICCNHPENLPGAKKDGSSVHFFYRITNAYASGSRKRRRVQDQESPMNTRVRWHKTGKTKPVMENGIQRGFKKIMVLYETSKRGSKPDKCNWVMHQYHLGSDEDEKEGEYVVSKIFHQTDKDRNENPTMVMEESVDVKAVPVIPTTPKTTTPDPPRQDQTPY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器