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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004731

染色体: Chr02 坐标: 69551777-69558821 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004731
名称SmilChr02G004731
描述uncharacterized SmilChr02G004731
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69551777 - 69558821 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008678
GeneID131008678
locus_tag-
NCBI NameLOC131008678
原始查询SmilChr02G004731

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF03023 (MurJ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008678

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057791637.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057791637.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057791641.1
4 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057791639.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057791641.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69552222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr2:69552239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr2:69552308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:69552313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B70
Chr2:69553289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr2:69554674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr2:69555045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B115,B48,B89,C87
Chr2:69555064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,C43,C49
Chr2:69555068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,C71
Chr2:69555190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C83
Chr2:69555879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:69555942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791637.1
630 aa
N
1
315
630
MurJ
C
PF03023 MurJ 103-532 aa
XP_057791638.1
630 aa
N
1
315
630
MurJ
C
PF03023 MurJ 103-532 aa
XP_057791639.1
614 aa
N
1
307
614
MurJ
C
PF03023 MurJ 103-516 aa
XP_057791640.1
608 aa
N
1
304
608
MurJ
C
PF03023 MurJ 103-545 aa
XP_057791641.1
490 aa
N
1
245
490
MurJ
C
PF03023 MurJ 8-392 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791637.1 Pfam PF03023 MurJ Family 103 532 8.6e-61 206.6 Lipid II flippase MurJ
XP_057791638.1 Pfam PF03023 MurJ Family 103 532 8.6e-61 206.6 Lipid II flippase MurJ
XP_057791639.1 Pfam PF03023 MurJ Family 103 516 2.4e-53 182.1 Lipid II flippase MurJ
XP_057791640.1 Pfam PF03023 MurJ Family 103 545 3.9e-61 207.8 Lipid II flippase MurJ
XP_057791641.1 Pfam PF03023 MurJ Family 8 392 8.3e-55 186.9 Lipid II flippase MurJ

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935655.1
TAACTCAAACACACACTAATTAATTTATGACTCGAGAAAAAATATACACACATTCGAAAAATAGTACTCCTATATCGGATTTCTACGAACCCCACCCAAAAGTTGGGAGTTAAGAACCGGGCGAGCTTCGAACCGGTTGGACCGGGTCGGCTTAGCCGTGTACAGCTGCTACTCCCTACGCCGGCAGCGCCTCGAAATGACCAAAGCGCGAATTCGAACCCCGTTCGATCTTAGTTTTCCGACAAATTCCCCGTTCCAAA...
XM_057935656.1
AACTCAAACACACACTAATTAATTTATGACTCGAGAAAAAATATACACACATTCGAAAAATAGTACTCCTATATCGGATTTCTACGAACCCCACCCAAAAGTTGGGAGTTAAGAACCGGGCGAGCTTCGAACCGGTTGGACCGGGTCGGCTTAGCCGTGTACAGCTGCTACTCCCTACGCCGGCAGCGCCTCGGTTGATTCAATTTGTCTCTGTGCATTCGTTTTCTTTTTTGGCGCCAAGAGCTATAAAACGCGCCGCC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131008678
ATGACCAAAGCGCGAATTCGAACCCCGTTCGATCTTAGTTTTCCGACAAATTCCCCGTTCCAAAATCGGTCCTCGCCGATTGGGCGGCCGTCGCTACGGTTCTCGCAGGCGGAAGCATCTCCTCACCGATTCAGAAGAATTCAAATCGCATTTCGTGCAGAGAAGTCGTTTGGTTCGCCGCACGAAGATGATTTTTCGCACGCTGAAGTCGTGGTACCAGCAGGTGGTAAATCAGTCAGTGATGCTACATTGGTTGGCGT...
LOC131008678
ATGACCAAAGCGCGAATTCGAACCCCGTTCGATCTTAGTTTTCCGACAAATTCCCCGTTCCAAAATCGGTCCTCGCCGATTGGGCGGCCGTCGCTACGGTTCTCGCAGGCGGAAGCATCTCCTCACCGATTCAGAAGAATTCAAATCGCATTTCGTGCAGAGAAGTCGTTTGGTTCGCCGCACGAAGATGATTTTTCGCACGCTGAAGTCGTGGTACCAGCAGGTGGTAAATCAGTCAGTGATGCTACATTGGTTGGCGT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057791637.1
MTKARIRTPFDLSFPTNSPFQNRSSPIGRPSLRFSQAEASPHRFRRIQIAFRAEKSFGSPHEDDFSHAEVVVPAGGKSVSDATLVGVATLTSKILGFLREVTMASVFGVGAVATAFKYAWVLPGFSSSLLGGVNGPIHIIMSTTLSKLSEERGKRLFQHLTTIMFLVGGVVGALVYIFPEFVIQIYAPGLWILAEGQIIREIAIKQLKNMTPCIVLAGPVGLGFGYMSAQGNNALPCISPALSSSLVIASCLISALTRGL...
XP_057791638.1
MTKARIRTPFDLSFPTNSPFQNRSSPIGRPSLRFSQAEASPHRFRRIQIAFRAEKSFGSPHEDDFSHAEVVVPAGGKSVSDATLVGVATLTSKILGFLREVTMASVFGVGAVATAFKYAWVLPGFSSSLLGGVNGPIHIIMSTTLSKLSEERGKRLFQHLTTIMFLVGGVVGALVYIFPEFVIQIYAPGLWILAEGQIIREIAIKQLKNMTPCIVLAGPVGLGFGYMSAQGNNALPCISPALSSSLVIASCLISALTRGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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