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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004734

染色体: Chr02 坐标: 69573316-69575562 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004734
名称SmilChr02G004734
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g01580
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69573316 - 69575562 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008675
GeneID131008675
locus_tag-
NCBI NameLOC131008675
原始查询SmilChr02G004734

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g01580
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g01580
ArabidopsisAT3G01580 (AT3G01580)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821107]
identity=46.2; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0112000
-
identity=38.3; qcov=0.9; evalue=1.16e-133; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008675

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057791634.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791634.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791634.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791634.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791634.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69573410 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 38 A19,A25,A8,B100,B109,B112,B113,B114,B115,B125,B13,B17,B30,B32,B38,B39,B41,B52,B61,B63,B69,B73,B85,B90,B92,B94,C16,C21,C34,C35,C4,C45,C48,C56,C6,C71,C73,D2
Chr2:69573441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C35
Chr2:69573450 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 C57
Chr2:69573681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B93
Chr2:69573870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr2:69573894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B93
Chr2:69573916 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B40,B68,C1,C30
Chr2:69574064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:69574077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,D4
Chr2:69574096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr2:69574194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr2:69574195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791634.1
647 aa
N
1
324
647
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 20-42 aa PF01535 PPR 90-111 aa PF01535 PPR 118-143 aa PF01535 PPR 192-218 aa PF01535 PPR 220-250 aa PF01535 PPR 293-318 aa PF01535 PPR 395-420 aa PF13041 PPR_2 419-468 aa PF13812 PPR_3 420-467 aa PF01535 PPR 422-450 aa PF01535 PPR 458-485 aa PF20431 E_motif 538-600 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791634.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 20 42 2.2e-50 166.1 PPR repeat
XP_057791634.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 90 111 2.2e-50 166.1 PPR repeat
XP_057791634.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 118 143 2.2e-50 166.1 PPR repeat
XP_057791634.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 192 218 2.2e-50 166.1 PPR repeat
XP_057791634.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 220 250 2.2e-50 166.1 PPR repeat
XP_057791634.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 293 318 2.2e-50 166.1 PPR repeat
XP_057791634.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 395 420 2.2e-50 166.1 PPR repeat
XP_057791634.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 419 468 9.3e-48 160.8 PPR repeat family
XP_057791634.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 420 467 9.3e-18 64.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791634.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 422 450 2.2e-50 166.1 PPR repeat
XP_057791634.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 458 485 2.2e-50 166.1 PPR repeat
XP_057791634.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 538 600 3.5e-14 53.5 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935651.1
AGAATGATCTTCACCAGAGATTAATAGTAATTCACACTGTTTGTAATATACAGTGGCGATGCACTCGTTTAATTATTCGAAGCATGCAGAAATGGAAGATGTTTAATCCAACTACATTCCGCCACCATCAAAACCGGAATAACCGCGTCCTCAAAAGCTATTGCAGAAACAAACGGTACAAAGAAACCCTGTCTCTGTTTTCCCTTATGTTCTTGTCCGAAAAACCGGATCTTTACTCGATTCCTGTCGCTCTCAAGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008675
ATGCAGAAATGGAAGATGTTTAATCCAACTACATTCCGCCACCATCAAAACCGGAATAACCGCGTCCTCAAAAGCTATTGCAGAAACAAACGGTACAAAGAAACCCTGTCTCTGTTTTCCCTTATGTTCTTGTCCGAAAAACCGGATCTTTACTCGATTCCTGTCGCTCTCAAGGCGTGTGCCGGCCTAAAAGCGCTTGAATTTGGGAAGGCGATTCACGGCTTCTCCAAGAAGAATGGCCAGATTGGTAGCAACTTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791634.1
MQKWKMFNPTTFRHHQNRNNRVLKSYCRNKRYKETLSLFSLMFLSEKPDLYSIPVALKACAGLKALEFGKAIHGFSKKNGQIGSNLFVGSALMDMYAKCGAMDESLRVFEEYSEPDTVLWTTVVTGFEQNGRSVEALECFARMAMAKGVVIDDVALVGVLSACVRLLDLKAGKSIHGYMIRVGLRRDLNLSNALLNLYEKTGSVDSAARLFGEMEERDVISWGSMIACYAHHGGAEEALGLFDAMVAGGIEPNAVVLISA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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