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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004736

染色体: Chr02 坐标: 69581968-69585635 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004736
名称SmilChr02G004736
描述uncharacterized SmilChr02G004736
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69581968 - 69585635 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008713
GeneID131008713
locus_tag-
NCBI NameLOC131008713
原始查询SmilChr02G004736

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Sucrase/ferredoxin-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834049]; symbol=AT5G40510; hit=AT5G40510; species=arabidopsis; confidence=high
产物Sucrase/ferredoxin-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834049]; symbol=AT5G40510; hit=AT5G40510; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G40510 (AT5G40510)
Sucrase/ferredoxin-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834049]
identity=49.3; qcov=0.873; evalue=1.74e-117; confidence=high
RiceOs02g0725100
-
identity=50.7; qcov=0.741; evalue=4.08e-106; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF06999 (Suc_Fer-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008713

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057791710.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057791710.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057791710.1
4 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057791710.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791710.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69582482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B131,C78
Chr2:69582502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr2:69582503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C38,C44,C50,C70,C8
Chr2:69582547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:69582594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:69582625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:69583377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,B6,C63,D2
Chr2:69583422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:69583501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr2:69585203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B6,C63,D2
Chr2:69585219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:69585250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C7,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791710.1
386 aa
N
1
193
386
Suc_Fer-like
C
PF06999 Suc_Fer-like 72-283 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791710.1 Pfam PF06999 Suc_Fer-like Family 72 283 2.5e-45 155.6 Sucrase/ferredoxin-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935727.1
CAACACAAAAATGTGTGGATATTTAAATTGGATTTTTTTTTTTTTTTTGGAAGAAGGGATATTTAAATTGGATTAAGGTAAATGGAGACGGGTAGGTGTCGCGCACAATATAACTCTTTTATCTTTGGGGGATTTTGAGTTTGAACATACCGATTTTACTTTTAAATGTGCACCTCTCTCTCCTCAATCACACGTCTATATCTCTCCTGCCTCTCCATCAAACCCCTCTCCAAAAATCTTCCAAAATTTTCGTTCAAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008713
ATGTGCACCTCTCTCTCCTCAATCACACGTCTATATCTCTCCTGCCTCTCCATCAAACCCCTCTCCAAAAATCTTCCAAAATTTTCGTTCAAGCCCATTTCTCTAGCTCCTTCCATCGCCATGGCCGGAGAATCCGAGAGTTTCGCCACCGCCTTCTCCACGGATGACGACGCCAAGTACGGCTTCGAGCGCAGCGAGATGTACCAGACCAACCTCGCCGGTACCGTTGACTACTTCGAGCGCCACGTCTTCCTCTGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791710.1
MCTSLSSITRLYLSCLSIKPLSKNLPKFSFKPISLAPSIAMAGESESFATAFSTDDDAKYGFERSEMYQTNLAGTVDYFERHVFLCYKSHDSWPAKLEVSDSDPLPKQFASALRARRNDIKIKTRLTICEAAHDMNLWDGDVLIFPQMIVYRGLTESDVESFVEDVLVSGKPWQSGVEQELNGSFVFVCAHNNRDRRCGVCGPPLIEKFKEEIGSKNLSDPVFVAACSHIGGHKYAGNVIIFSADSDGKVVGNWYGYVTP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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