Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004740`

染色体: Chr02 坐标: 69619134-69619969 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004740`
名称	SmilChr02G004740
描述	cyclin-dependent protein kinase inhibitor SMR6-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69619134 - 69619969 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008760`
GeneID	`131008760`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008760`
原始查询	`SmilChr02G004740`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cyclin-dependent protein kinase inhibitor SMR6-like
产物	cyclin-dependent protein kinase inhibitor SMR6-like
Arabidopsis	`AT5G40460` (AT5G40460) cyclin-dependent kinase inhibitor SMR3-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834044] identity=60.2; qcov=1.1; evalue=2.14e-33; confidence=medium
Rice	`-` -
GO	GO:0032875 (regulation of DNA endoreduplication)
KEGG	-
Pfam	PF27568 (SMR_1-15)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008760

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791778.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791778.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791778.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791778.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057791778.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69619472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A19,B111,B45,B7
`Chr2:69619501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr2:69619534`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C85
`Chr2:69619584`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C58
`Chr2:69619584`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C58
`Chr2:69619586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr2:69619624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,C12,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791778.1

103 aa

103

SMR_1-15

PF27568 SMR_1-15 37-95 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791778.1`	Pfam	`PF27568`	SMR_1-15	Domain	37	95	7.6e-17	62.1	Cyclin-dependent protein kinase inhibitors

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935795.1
TAAAAGTCCCTCTTTGAAGCTCATATTCCCCTCCCATTTTGCCGCCATTGCTGCTTCCCATCTCTCAATTCAAAGTTTTTTTCCTTCAAATTCCCTTTTCAATTCCGCACAACTAAGACAAACCCTTTTTCCCCTTTCCGTTTCCTCCCCACAAATTTTCTCTAAAAATCCCCGCCTTTTCCTCCCCTCTGCTCGAAAAAGAAAAAAATTAAAGTAGCATTTGAGCCCTAAAATTCCTCGAATTTTGATCTCTGTTTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008760
ATGGGTTTCTCCAAGAAGCATCATCAAGTCGAATTGACCAAGGAATCGGACGGCAAGAAATGGGTCATCGCCGGAATCGCGATACGGGCGCCGCTGAAGCCGGTGTCGACGAAGGTGAGAGACGGCGGCGACGAGGAGGAGGAGTCCACGACGCCGACGGCGCGTGAGTCGAGGATACCGGAGAAGGCTTCCTGCCCGGCGGCGCCCAGGAAGCGGCGCCCCGCGTCGACGTGCCAAGTAGTGAGAGAGTTCTTCAATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791778.1
MGFSKKHHQVELTKESDGKKWVIAGIAIRAPLKPVSTKVRDGGDEEEESTTPTARESRIPEKASCPAAPRKRRPASTCQVVREFFNPPDLESVFIRRRAESAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器