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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004744

染色体: Chr02 坐标: 69654205-69656876 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004744
名称SmilChr02G004744
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69654205 - 69656876 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008669
GeneID131008669
locus_tag-
NCBI NameLOC131008669
原始查询SmilChr02G004744

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600-like
ArabidopsisAT2G13600 (SLO2)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815845]
identity=36.1; qcov=0.902; evalue=6.34e-139; confidence=medium
RiceOs03g0701400
-
identity=49.5; qcov=0.882; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057791619.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791619.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791619.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791619.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791619.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69654338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C1,C37,C82
Chr2:69654575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,B9
Chr2:69654670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B104,C35
Chr2:69654701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B26,B79,C28
Chr2:69654719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,C12,C22,C79
Chr2:69654748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,C16,C45
Chr2:69654768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr2:69654974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B104,C35
Chr2:69655001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B81,B9
Chr2:69655103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C4
Chr2:69655152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr2:69655240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,C16,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791619.1
722 aa
N
1
361
722
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 81-110 aa PF01535 PPR 112-136 aa PF13041 PPR_2 141-187 aa PF01535 PPR 143-173 aa PF13812 PPR_3 164-220 aa PF01535 PPR 244-273 aa PF13041 PPR_2 273-320 aa PF01535 PPR 275-305 aa PF01535 PPR 349-374 aa PF13041 PPR_2 373-405 aa PF12854 PPR_1 374-401 aa PF01535 PPR 376-405 aa PF13041 PPR_2 405-452 aa PF01535 PPR 407-436 aa PF01535 PPR 480-506 aa PF01535 PPR 508-535 aa PF01535 PPR 545-568 aa PF20431 E_motif 623-685 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 81 110 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 112 136 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 141 187 6.7e-78 257.4 PPR repeat family
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 143 173 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 164 220 3.5e-24 85.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 244 273 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 273 320 6.7e-78 257.4 PPR repeat family
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 275 305 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 349 374 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 373 405 6.7e-78 257.4 PPR repeat family
XP_057791619.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 374 401 3.6e-48 161.7 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 376 405 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 405 452 6.7e-78 257.4 PPR repeat family
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 407 436 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 480 506 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 508 535 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 545 568 1.2e-77 251.6 PPR repeat
XP_057791619.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 623 685 1.1e-19 71.1 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935636.1
GAGAGAGGAGTAAAAAAATTGTGATTATAATTACATTCGACTCAAAAATGTTTTCTACTAATGCAAGAAAAAACTTGAATGCATTCATTCGGAAAAGCGTTTCTCTGCTAGAAATTTGCACAAACGAGAGGTTGATCAATCACGGAAACGCCCTCCACTGCCAATTAATCAAAATGGGACTCTCCTCCCACAAATACATCGCCGTAAAATTACTGATCATGTATCTAGACTCGAGGAAATCCCTTGAGATAAATCAGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008669
ATGTTTTCTACTAATGCAAGAAAAAACTTGAATGCATTCATTCGGAAAAGCGTTTCTCTGCTAGAAATTTGCACAAACGAGAGGTTGATCAATCACGGAAACGCCCTCCACTGCCAATTAATCAAAATGGGACTCTCCTCCCACAAATACATCGCCGTAAAATTACTGATCATGTATCTAGACTCGAGGAAATCCCTTGAGATAAATCAGATGCTGAAGGGGTTCGATGGCTTTAATTTAGTCGTTCACAACTGTTTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791619.1
MFSTNARKNLNAFIRKSVSLLEICTNERLINHGNALHCQLIKMGLSSHKYIAVKLLIMYLDSRKSLEINQMLKGFDGFNLVVHNCLINANLKWGNAADACRLFDEMPERNEVSWTSLISGLLKHGKVDEAIHYFKRNPFSDVFSWTATISGLVYNRLSFRAMMLFREMLRFGVLPNAITFTSVVKACIELRDLGLAMSVLGLIMKLGFEGNVCVLNSLVTFFLRLGHIDSARKTFDRIQVKDVVSWTTMLDMYVEMGELV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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