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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004750

染色体: Chr02 坐标: 69693940-69694625 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004750
名称SmilChr02G004750
描述sulfated surface glycoprotein 185-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69693940 - 69694625 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009937
GeneID131009937
locus_tag-
NCBI NameLOC131009937
原始查询SmilChr02G004750

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述sulfated surface glycoprotein 185-like
产物sulfated surface glycoprotein 185-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009937

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057793318.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057793318.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057793318.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793318.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793318.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69693989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:69694081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr2:69694092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B98,C20,C21,C49
Chr2:69694134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,B43,C54
Chr2:69694158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:69694162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,D3
Chr2:69694163 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 36 A1,A14,A19,A24,B103,B11,B117,B12,B123,B133,B16,B23,B29,B35,B40,B42,B44,B49,B50,B55,B73,B82,B94,C1,C22,C29,C31,C32,C50,C52,C56,C58,C59,C66,C81,C9
Chr2:69694202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B26
Chr2:69694215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:69694218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B14,B20,B30,C37
Chr2:69694220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B66,B79,B90,C32,D5
Chr2:69694257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937335.1
ATGCGCCGCCTCCACCATCCTCCACCACCCTCAAGCCTCTCGCCTCCTCCATCGTCTCCACCACCCTCCTGCGCCCTCCATCATCCTCGGACCTCTCTCGCCTCCACCACCCTCCTCCGCCGCCTCCACCATTCTCCTGTGCGCTCCACCGCCTCCACCATCCTCCTGCGCGCCTCCACCACCCTCAACCCTCCCGTCTCCTGCGCCGCTACCACCATCCTCCTGCGCGCTCCACCGCCTCCACCACCCTTCTGCGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009937
ATGCGCCGCCTCCACCATCCTCCACCACCCTCAAGCCTCTCGCCTCCTCCATCGTCTCCACCACCCTCCTGCGCCCTCCATCATCCTCGGACCTCTCTCGCCTCCACCACCCTCCTCCGCCGCCTCCACCATTCTCCTGTGCGCTCCACCGCCTCCACCATCCTCCTGCGCGCCTCCACCACCCTCAACCCTCCCGTCTCCTGCGCCGCTACCACCATCCTCCTGCGCGCTCCACCGCCTCCACCACCCTTCTGCGCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793318.1
MRRLHHPPPPSSLSPPPSSPPPSCALHHPRTSLASTTLLRRLHHSPVRSTASTILLRASTTLNPPVSCAATTILLRAPPPPPPFCAPPPPSGLSPPAPPPPPSCLMPPTPSTASRLHHPPTPPPLQNPKISFCRGSTASTLHYLYPNRFLILILGENGGVVDGGCNLAGVKSGGAGTGFWGEMAVL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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