Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004755`

染色体: Chr02 坐标: 69733812-69737345 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004755`
名称	SmilChr02G004755
描述	PWWP domain-containing protein 3-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69733812 - 69737345 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008667`
GeneID	`131008667`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008667`
原始查询	`SmilChr02G004755`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	PWWP domain-containing protein 3-like
产物	PWWP domain-containing protein 3-like
Arabidopsis	`AT5G40340` (AT5G40340) Tudor/PWWP/MBT superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834032] identity=30.6; qcov=0.655; evalue=2.4e-56; confidence=low
Rice	`Os05g0463500` - identity=42.3; qcov=0.211; evalue=4.76e-41; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00855 (PWWP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008667

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791616.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791616.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791616.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791616.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057791616.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69734807`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr2:69735569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr2:69735584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr2:69735596`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:69735612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B114,B84,C34
`Chr2:69735690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr2:69735720`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,B77,C23
`Chr2:69735773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B111,B118,B44,B45
`Chr2:69735817`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:69735883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr2:69735967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B44,B74,C40,C9
`Chr2:69736124`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B90,B92,C21,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791616.1

862 aa

431

862

PWWP

PF00855 PWWP 137-220 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791616.1`	Pfam	`PF00855`	PWWP	Domain	137	220	6.9e-18	65.7	PWWP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935633.1
CATTGCTCCCAGCAGTATGATTCTAACAATCAATGCTTTCTTCCAACAACAAATTCCCATCGCCCAAACTCATCACTTGTGTCTGGTGCGCCGCGCTCCACTCGAACATCTCCCGCAGCTTTTATTTTTCATAGAATCCCTTCTTTTATTCTCTCTCGAAAATAAAATATTACTCGCTTTTCATTTCAGTTTGTCCGAAAAATCATTATCTCCCAAAACCCTAATTCTTAAGCTCATTGCTACAAAACTTCTCTCGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008667
ATGGCGACTCTGGAAGATATTGTTGCTGCGACAAAAATCCTCTCTGATGATCCTGACTCCGAAATGGGGGTCTCGGATTCTAAACCGGAGGAAGATCAAACTAGGGTTTCTTTTCTGAGGAAATGCGATGGTGGTTCTGATCCTGATGTTGTTGTTAACGAACAAGTTGTACAGAGTGAAGTTATTGTGGAGTCTACTATTGATGTGAATGGTCCCAAGGGCGAACTTGTGAAAACTTGCAACGAAACAAATGAAATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791616.1
MATLEDIVAATKILSDDPDSEMGVSDSKPEEDQTRVSFLRKCDGGSDPDVVVNEQVVQSEVIVESTIDVNGPKGELVKTCNETNEIGENSLEETKECESTGDKQLNGSGTDVMDVDGDGCDEGTGEKNDEDKGFLVGDFVWGKIKSHPWWPGQVYDPKDASEFAMTRKQEGRLLVAFFGDGSCSWCSPSQMIPFVDNFSEMSRDSCSKSFLNAVQRATDEVGRLMELEMTCKCIPEEKKDSLAKPEVTNAGLRAGVIMPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器