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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004757

染色体: Chr02 坐标: 69749881-69756153 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004757
名称SmilChr02G004757
描述uncharacterized SmilChr02G004757
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69749881 - 69756153 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008752
GeneID131008752
locus_tag-
NCBI NameLOC131008752
原始查询SmilChr02G004757

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28718492]; symbol=AT3G01516; hit=AT3G01516; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28718492]; symbol=AT3G01516; hit=AT3G01516; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G01516 (AT3G01516)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28718492]
identity=41; qcov=0.951; evalue=3.17e-25; confidence=medium
RiceOs01g0638800
-
identity=36.5; qcov=0.884; evalue=2.66e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008752

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057791769.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057791769.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791769.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791769.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791769.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69750231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:69750302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B77,C15,C46
Chr2:69750304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:69750321 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,B92,C21
Chr2:69750344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B106,B73
Chr2:69750346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B134
Chr2:69750503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B34,C28,C43,C65
Chr2:69750527 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:69750573 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935786.1
AGAGAGAGAGAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCATATATATCAGAAAAACCGTAAATGAGATGAAAACTTTTGTGAAGGTGAATTAGTTTGATTGTTGGAAATGGTGAAACTCTGCAATGAAATGCTGCATATCTGAGGTGGTGAGTGAGCTGAAGAAATTTAATTGCGTATAAAAATAGGAGGAGTGCCAGCTCAGCATGGATCATAAAACCAGAAGCTAAGATTAACTCTAGGAATCGGCGTCCAATTTTAGAGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008752
ATGTGCGATCGCAGCGCCTCCCCACCCTCCTCCTCTTCGTCCTCCTCGTCGAGCGTCGCCGCCGCGAGCCGCTGCCGGAGCCGGCATTTCACTGAGGAAGACGGCGACGCGGCGGCGTGCACGGGGAGGTCGTGCCAGTCGTGCACGGCCGGCGTGATCGCGGACTGCGTGGCCGTGTGCTGCTGCCCGTGCGCGGTGGTGAACCTCCTGACGCTGGCGTTCGTGAAGCTGCCGTGGGCGGTGGCGCGGAGGTGCCTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791769.1
MCDRSASPPSSSSSSSSSVAAASRCRSRHFTEEDGDAAACTGRSCQSCTAGVIADCVAVCCCPCAVVNLLTLAFVKLPWAVARRCLGRRRERRRRLAEERRKRGGDGEGAAEIVVNIGEELLNDEFGAELKLGEDVWLELYELGHLGGFGRVSFTGIPFQDKGD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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