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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004758

染色体: Chr02 坐标: 69760159-69773336 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004758
名称SmilChr02G004758
描述serine/threonine-protein kinase BLUS1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69760159 - 69773336 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008674
GeneID131008674
locus_tag-
NCBI NameLOC131008674
原始查询SmilChr02G004758

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase BLUS1-like
产物serine/threonine-protein kinase BLUS1-like
ArabidopsisAT5G14720 (AT5G14720)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831324]
identity=65.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0486400
-
identity=58.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0043539 (protein serine/threonine kinase activator activity)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008674

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791626.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057791626.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057791626.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057791626.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791626.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69760414 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 6 A7,B23,B30,B40,B88,C51
Chr2:69760425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B36,C1,C29,C86
Chr2:69760789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C39,C47,C71
Chr2:69761351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:69761856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C30
Chr2:69762628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr2:69762652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr2:69762781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,C1,C29,C41,C86
Chr2:69762804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,C1,C29,C41,C86
Chr2:69763350 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 46 A15,A25,B10,B103,B106,B112,B115,B129,B132,B133,B136,B16,B24,B29,B30,B32,B4,B42,B48,B49,B50,B55,B6,B71,B73,B8,B88,B93,B97,B98,C1,C10,C11,C14,C16,C17,C18,C32,C43,C52,C6,C69,C7,C80,C86,C87
Chr2:69763512 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C25
Chr2:69763512 C CCA 2bp_insertion CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791626.1
688 aa
N
1
344
688
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 16-277 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 17-273 aa
XP_057791627.1
688 aa
N
1
344
688
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 16-277 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 17-273 aa
XP_057791629.1
688 aa
N
1
344
688
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 16-277 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 17-273 aa
XP_057791630.1
676 aa
N
1
338
676
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 16-277 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 17-273 aa
XP_057791631.1
676 aa
N
1
338
676
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 16-277 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 17-273 aa
XP_057791632.1
676 aa
N
1
338
676
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 16-277 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 17-273 aa
XP_057791633.1
676 aa
N
1
338
676
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 16-277 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 17-273 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791626.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 277 6.8e-59 200.1 Protein kinase domain
XP_057791626.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 17 273 5.2e-43 147.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057791627.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 277 6.8e-59 200.1 Protein kinase domain
XP_057791627.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 17 273 5.2e-43 147.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057791629.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 277 6.8e-59 200.1 Protein kinase domain
XP_057791629.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 17 273 5.2e-43 147.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057791630.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 277 6.4e-59 200.2 Protein kinase domain
XP_057791630.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 17 273 5e-43 148.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057791631.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 277 6.4e-59 200.2 Protein kinase domain
XP_057791631.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 17 273 5e-43 148.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057791632.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 277 6.4e-59 200.2 Protein kinase domain
XP_057791632.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 17 273 5e-43 148.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057791633.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 277 6.4e-59 200.2 Protein kinase domain
XP_057791633.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 17 273 5e-43 148.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935647.1
AATAAGCAAGAAGAAATAAAAAAAATGAGTCCAAAATTGGCGGAAATGTAACTAAATATGGCTATATGATTTAGTAAGAAGTAAGAAATACCATCCATAAAACTACGTGGTGAAGATTCATTCAACCGAAGACCCGCAAACAGGAAGAGTTTTACATATCTATATAAATATATCTATATACTGAATCAAATGGTGGTTTTCTCGACGACGTCTATGGCGGAGAAGTCGAAACGACGGAGCTAGACGACGCCGTTCTCCCC...
XM_057935643.1
ATACCATCCATAAAACTACGTGGTGAAGATTCATTCAACCGAAGACCCGCAAACAGGAAGAGTTTTACATATCTATATAAATATATCTATATACTGAATCAAATGGTGGTTTTCTCGACGACGTCTATGGCGGAGAAGTCGAAACGACGGAGCTAGACGACGCCGTTCTCCCCTCTGCGTCTTTGTTTCCGTCGTTTTTTGGAACTTTCCTTTCGCTTCCGGAGATTATCCGGCCTGGAAACCCTAGCTGCAAATATTGT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131008674
ATGTCACAAGAACCAGCTAAAAAGTTTCCTCTTGATGCTAAAGATTATGAGTTATATGAGGAAGTTGGAGAGGGTGTCAGTGCTACTGTATATAGAGCTCTTTGTATTCCACTTAATGAGGTTGTTGCAATAAAGGTTCTTGATCTTGAGAAGTGCAACAATGACTTGGATGGCATTCGGCGAGAGGTTCAAACCATGATTCTGATTGACCATCCAAATCTCTTGCGGGCTCACTGCTCATTCACCGCTGGTCATAATCT...
LOC131008674
ATGTCACAAGAACCAGCTAAAAAGTTTCCTCTTGATGCTAAAGATTATGAGTTATATGAGGAAGTTGGAGAGGGTGTCAGTGCTACTGTATATAGAGCTCTTTGTATTCCACTTAATGAGGTTGTTGCAATAAAGGTTCTTGATCTTGAGAAGTGCAACAATGACTTGGATGGCATTCGGCGAGAGGTTCAAACCATGATTCTGATTGACCATCCAAATCTCTTGCGGGCTCACTGCTCATTCACCGCTGGTCATAATCT...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057791626.1
MSQEPAKKFPLDAKDYELYEEVGEGVSATVYRALCIPLNEVVAIKVLDLEKCNNDLDGIRREVQTMILIDHPNLLRAHCSFTAGHNLWVVMPYMAGGSCLHIMKSSYPEGFEEPVIATLLRETLRALVYLHSHGHIHRDVKAGNILLDSNGAVKLGDYGVSACMYDTGDRQRTRNTFVGTPCWMAPEVMQQLHGYDFKADIWSFGITALELAHGHAPFSKYPPMKVLLMTLQNAPPGLDYERDKRFSKSFKEMVAACLVK...
XP_057791627.1
MSQEPAKKFPLDAKDYELYEEVGEGVSATVYRALCIPLNEVVAIKVLDLEKCNNDLDGIRREVQTMILIDHPNLLRAHCSFTAGHNLWVVMPYMAGGSCLHIMKSSYPEGFEEPVIATLLRETLRALVYLHSHGHIHRDVKAGNILLDSNGAVKLGDYGVSACMYDTGDRQRTRNTFVGTPCWMAPEVMQQLHGYDFKADIWSFGITALELAHGHAPFSKYPPMKVLLMTLQNAPPGLDYERDKRFSKSFKEMVAACLVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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