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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004764

染色体: Chr02 坐标: 69823855-69827544 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004764
名称SmilChr02G004764
描述uncharacterized SmilChr02G004764
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69823855 - 69827544 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008714
GeneID131008714
locus_tag-
NCBI NameLOC131008714
原始查询SmilChr02G004764

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831331]; symbol=AT5G14790; hit=AT5G14790; species=arabidopsis; confidence=high
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831331]; symbol=AT5G14790; hit=AT5G14790; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G14790 (AT5G14790)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831331]
identity=63.7; qcov=0.897; evalue=6.25e-124; confidence=high
RiceOs02g0305700 (P0543C11.17-1)
-
identity=52.9; qcov=1.01; evalue=2.15e-118; confidence=high
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0005881 (cytoplasmic microtubule); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF12348 (CLASP_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008714

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791711.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057791711.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791711.1
4 Phragmoplast Phragmoplast 0.20000 XP_057791711.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791711.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69825814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr2:69826268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C35
Chr2:69826291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:69826340 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B81,B9
Chr2:69826543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:69826595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,B68,B96,C57
Chr2:69826647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B7,D3
Chr2:69826907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:69826942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C44
Chr2:69827022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B81,B9
Chr2:69827156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,D6
Chr2:69827179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B102,B124,B23,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791711.1
341 aa
N
1
170
341
CLASP_N
C
PF12348 CLASP_N 121-278 aa
XP_057791712.1
341 aa
N
1
170
341
CLASP_N
C
PF12348 CLASP_N 121-278 aa
XP_057791713.1
341 aa
N
1
170
341
CLASP_N
C
PF12348 CLASP_N 121-278 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791711.1 Pfam PF12348 CLASP_N Repeat 121 278 1.7e-06 28.5 CLASP N terminal
XP_057791712.1 Pfam PF12348 CLASP_N Repeat 121 278 1.7e-06 28.5 CLASP N terminal
XP_057791713.1 Pfam PF12348 CLASP_N Repeat 121 278 1.7e-06 28.5 CLASP N terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935730.1
GCTTGATTAAATAATAGGACGACAGAGGTGGCAGATTTGACTATTGGGAGAAATCCCAGGGGCAGATCCGTCATTTCGAAACTCTGACCGGCGGTCACGTGCTTATATTTACCCGAGGGGCCGTCCTTTGTTTCGGGCAGCAAAACTTGCCGTCTCATTCTACCCGCCCCCCTCCTCTCGCCGGTTACCAAAACTCATTACTATATTTCCCTCATTTTACAGTTTTACGCCTTATATAATACACTCACTCACATCTTTAT...
XM_057935728.1
GGGCAGCAAAACTTGCCGTCTCATTCTACCCGCCCCCCTCCTCTCGCCGGTTACCAAAACTCATTACTATATTTCCCTCATTTTACAGTTTTACGCCTTATATAATACACTCACTCACATCTTTATATAAATATATACTACACATAGAGAGAGAGATTCTTGCTCTCATTGAAGATTTAACTATTGAGGTCTGCAATAAATACTTTCACCATTTTCCCGTTGTTGCGGCGGCCACAGTTCGATTCCTTATCATTTTCTTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131008714
ATGTCTGAGATAGCTGTCAGAGATAATAATGTACCTGAGTCTCAGAGGATAAATGGAGGCTTCAGTAATGGAAGCATCGTAAAAGCTCAGGGTGAAGGTGTGAGTGAAAATACTGAAGAAAGGCAAAGGAAAGGGATGGCTGCAGTGGTTGGCACTTCTGTTAAGATAGATGAAACAGAAAATTCTGAAGCAGTGATAACCAGTATAGAAGTAGAGTATATTGAGTCTGAGGATTTGAAGGATGTAGAAGATGTGGATGA...
LOC131008714
ATGTCTGAGATAGCTGTCAGAGATAATAATGTACCTGAGTCTCAGAGGATAAATGGAGGCTTCAGTAATGGAAGCATCGTAAAAGCTCAGGGTGAAGGTGTGAGTGAAAATACTGAAGAAAGGCAAAGGAAAGGGATGGCTGCAGTGGTTGGCACTTCTGTTAAGATAGATGAAACAGAAAATTCTGAAGCAGTGATAACCAGTATAGAAGTAGAGTATATTGAGTCTGAGGATTTGAAGGATGTAGAAGATGTGGATGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057791711.1
MSEIAVRDNNVPESQRINGGFSNGSIVKAQGEGVSENTEERQRKGMAAVVGTSVKIDETENSEAVITSIEVEYIESEDLKDVEDVDDCLKALLSGLGSKDWVTVCDALNNVRRLSIFHKEAIVSMLDEVISLVVKSLKNPRSAVCKTAIMTAADLFKAYKDSIIDSLDPLLVQLLLKSSQDKKFVCEAAESALVALTSWVSPVLLLPKLQPYVTNRNPRIRAKASICISRSVPQLGIDGIEEFGIDKLIVIGASQLSDRL...
XP_057791712.1
MSEIAVRDNNVPESQRINGGFSNGSIVKAQGEGVSENTEERQRKGMAAVVGTSVKIDETENSEAVITSIEVEYIESEDLKDVEDVDDCLKALLSGLGSKDWVTVCDALNNVRRLSIFHKEAIVSMLDEVISLVVKSLKNPRSAVCKTAIMTAADLFKAYKDSIIDSLDPLLVQLLLKSSQDKKFVCEAAESALVALTSWVSPVLLLPKLQPYVTNRNPRIRAKASICISRSVPQLGIDGIEEFGIDKLIVIGASQLSDRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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