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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004766

染色体: Chr02 坐标: 69838041-69843112 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004766
名称SmilChr02G004766
描述potassium transporter 8-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69838041 - 69843112 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008668
GeneID131008668
locus_tag-
NCBI NameLOC131008668
原始查询SmilChr02G004766

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter 8-like
产物potassium transporter 8-like
ArabidopsisAT5G14880 (AT5G14880)
Potassium transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831340]
identity=72; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0730300 (OsHAK25)
-
identity=68.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008668

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057791617.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057791617.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057791617.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791617.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791617.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69838718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C28,C37
Chr2:69838983 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 9 A15,B1,B41,B73,B93,C17,C2,C47,C87
Chr2:69839040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,D6
Chr2:69839093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,D6
Chr2:69839224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr2:69839277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,C16,C53,D6
Chr2:69839306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,C16,C53,D6
Chr2:69840999 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B45
Chr2:69840999 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B45
Chr2:69841095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:69841449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:69841626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A2,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791617.1
757 aa
N
1
378
757
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 29-509 aa PF22776 K_trans_C 540-756 aa
XP_057791618.1
750 aa
N
1
375
750
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 22-502 aa PF22776 K_trans_C 533-749 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791617.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 29 509 1.9e-164 548.2 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057791617.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 540 756 9.5e-25 87.9 K+ potassium transporter C-terminal domain
XP_057791618.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 22 502 1.8e-164 548.2 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057791618.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 533 749 9.3e-25 87.9 K+ potassium transporter C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935634.1
AATTTCTTCATCATACGTTACTTTCAGCAGCCAATGGCCCATCATAATGTGTATAATATTAATAAGCCTACTCAAAACGCACAGATACCCGCACGCGTGTGTGTGTGTGTTTGTAAACAAACATCTGAAACTTGTGTTGAGCAAACAAGACAAGGAACTGAGGAAGGTTGGTCGGAGAGTATTAATTATTCTAGTGTGGTGAAGCGATAGAATACAAATATTTTGCAGAGTCAAGTGAGGTGGATTACACATTATCCAAC...
XM_057935635.1
TACTCAAAACGCACAGATACCCGCACGCGTGTGTGTGTGTGTTTGTAAACAAACATCTGAAACTTGTGTTGAGCAAACAAGACAAGGAACTGAGGAAGGTTGGTCGGAGAGTATTAATTATTCTAGTGTGGTGAAGCGATAGAATACAAATATTTTGCAGAGTCAAGTGAGGGAGGCCCGTGATGGATAATGAAGGATGGAGTGGCAAACACACAGTAAAGAAAGAATCTTGGCGAACGGTATTCGCATTGGCTTATCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008668
ATGGATTCAGGGAGGCCCGTGATGGATAATGAAGGATGGAGTGGCAAACACACAGTAAAGAAAGAATCTTGGCGAACGGTATTCGCATTGGCTTATCAGAGTTTGGGAGTTGTGTATGGGGATTTAAGCACATCTCCATTGTATGTGTACAAGAGCACTTTTGCAGAGGACATTCAACACTCTGAAACCAATGAAGAGATATATGGGGTTCTATCCTTCGTGTTTTGGACACTGACTTTGATACCACTTGTTAAGTATGT...
LOC131008668
ATGGATAATGAAGGATGGAGTGGCAAACACACAGTAAAGAAAGAATCTTGGCGAACGGTATTCGCATTGGCTTATCAGAGTTTGGGAGTTGTGTATGGGGATTTAAGCACATCTCCATTGTATGTGTACAAGAGCACTTTTGCAGAGGACATTCAACACTCTGAAACCAATGAAGAGATATATGGGGTTCTATCCTTCGTGTTTTGGACACTGACTTTGATACCACTTGTTAAGTATGTCTTCATAGTGCTTAGAGCTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791617.1
MDSGRPVMDNEGWSGKHTVKKESWRTVFALAYQSLGVVYGDLSTSPLYVYKSTFAEDIQHSETNEEIYGVLSFVFWTLTLIPLVKYVFIVLRADDNGEGGTFALYSLLCRHARVSTLPNGQLADEDLYEYKKENIESSSSNGVGLRLRSALEKHRVLQRVLLTLALLGACMVIGDGVLTPAISVFSAVSGLELLVSKHHHQYIEVPVVCIILVFLFSLQHFGTHRIGFLFGPVVITWLLCISSIGVYNIFQWNPHVYEAL...
XP_057791618.1
MDNEGWSGKHTVKKESWRTVFALAYQSLGVVYGDLSTSPLYVYKSTFAEDIQHSETNEEIYGVLSFVFWTLTLIPLVKYVFIVLRADDNGEGGTFALYSLLCRHARVSTLPNGQLADEDLYEYKKENIESSSSNGVGLRLRSALEKHRVLQRVLLTLALLGACMVIGDGVLTPAISVFSAVSGLELLVSKHHHQYIEVPVVCIILVFLFSLQHFGTHRIGFLFGPVVITWLLCISSIGVYNIFQWNPHVYEALSPYYMYK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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