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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004775

染色体: Chr02 坐标: 69906305-69910079 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004775
名称SmilChr02G004775
描述gibberellin-regulated protein 14
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向69906305 - 69910079 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008743
GeneID131008743
locus_tag-
NCBI NameLOC131008743
原始查询SmilChr02G004775

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gibberellin-regulated protein 14
产物gibberellin-regulated protein 14
ArabidopsisAT5G14920 (AT5G14920)
Gibberellin-regulated family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831344]
identity=75.4; qcov=0.433; evalue=5.44e-30; confidence=low
RiceOs04g0465300 (GASR2)
-
identity=49.2; qcov=0.407; evalue=2.14e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02704 (GASA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008743

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057791761.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057791759.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791761.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791761.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791761.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:69906775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:69907389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,B79
Chr2:69907494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr2:69907502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B58,B82
Chr2:69907640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C44
Chr2:69907661 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C44
Chr2:69907715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B6,C63,D2
Chr2:69907742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr2:69907795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:69909557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr2:69909558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C73
Chr2:69909576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791759.1
195 aa
N
1
98
195
GASA
C
PF02704 GASA 142-195 aa
XP_057791760.1
195 aa
N
1
98
195
GASA
C
PF02704 GASA 142-195 aa
XP_057791761.1
150 aa
N
1
75
150
GASA
C
PF02704 GASA 90-150 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791759.1 Pfam PF02704 GASA Family 142 195 3.2e-06 27.9 Gibberellin regulated protein
XP_057791760.1 Pfam PF02704 GASA Family 142 195 3.2e-06 27.9 Gibberellin regulated protein
XP_057791761.1 Pfam PF02704 GASA Family 90 150 4.6e-20 72.2 Gibberellin regulated protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935776.1
GAAATATGTTGATATTGAAGATGGATTTGAAGGGGATAATGTTTCTCCCTTGCTGAATAATATTCAGCAAACTTTCATAAAAAAAGGCATGATTTCCTGCACTGGTTTATGCTGGTGAGAATTTTCTACATTGCAAACTCTCTCTCTCTCCAAAAATGGCGTCTAAATGGATCCTCTTCGTGTTAGCTTTTGCGGTCTTGGTTACAAGAATGGTCTCGTCAACGAGAGACGTGGAAAATATCGAAACCGAGAACAACGAC...
XM_057935777.1
GAATAATATTCAGCAAACTTTCATAAAAAAAGGCATGATTTCCTGCACTGGTTTATGCTGGTGAGCAGAATTTTCTACATTGCAAACTCTCTCTCTCTCCAAAAATGGCGTCTAAATGGATCCTCTTCGTGTTAGCTTTTGCGGTCTTGGTTACAAGAATGGTCTCGTCAACGAGAGACGTGGAAAATATCGAAACCGAGAACAACGACCACCACCACCACCACGAGCATGCCAGAGCACCGGCTCATGCCCCCGTCCAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131008743
ATGGCGTCTAAATGGATCCTCTTCGTGTTAGCTTTTGCGGTCTTGGTTACAAGAATGGTCTCGTCAACGAGAGACGTGGAAAATATCGAAACCGAGAACAACGACCACCACCACCACCACGAGCATGCCAGAGCACCGGCTCATGCCCCCGTCCACACTCCACTACATGGACCGGCTAAGGCCCCCATCCAACACCACCACCACGAGCATGCCATAGCACCGGCTCATGCCCCCGCCCACCACCACCACCACCACGAGCA...
LOC131008743
ATGGCGTCTAAATGGATCCTCTTCGTGTTAGCTTTTGCGGTCTTGGTTACAAGAATGGTCTCGTCAACGAGAGACGTGGAAAATATCGAAACCGAGAACAACGACCACCACCACCACCACGAGCATGCCAGAGCACCGGCTCATGCCCCCGTCCACACTCCACTACATGGACCGGCTAAGGCCCCCATCCAACACCACCACCACGAGCATGCCATAGCACCGGCTCATGCCCCCGCCCACCACCACCACCACCACGAGCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057791759.1
MASKWILFVLAFAVLVTRMVSSTRDVENIETENNDHHHHHEHARAPAHAPVHTPLHGPAKAPIQHHHHEHAIAPAHAPAHHHHHHEHARTPAHAPVHTPLHAPAKAPIHLPKKAPAHAPAKSPAHSPPKASASAPIPPPHGCVAQCASYCKPVSPKRPCMKTCTMCCAKCKCVPGFTKCSNWNSVEIRGHLVKCP
XP_057791760.1
MASKWILFVLAFAVLVTRMVSSTRDVENIETENNDHHHHHEHARAPAHAPVHTPLHGPAKAPIQHHHHEHAIAPAHAPAHHHHHHEHARTPAHAPVHTPLHAPAKAPIHLPKKAPAHAPAKSPAHSPPKASASAPIPPPHGCVAQCASYCKPVSPKRPCMKTCTMCCAKCKCVPGFTKCSNWNSVEIRGHLVKCP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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