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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004787

染色体: Chr02 坐标: 70026246-70027503 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004787
名称SmilChr02G004787
描述uncharacterized SmilChr02G004787
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70026246 - 70027503 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008779
GeneID131008779
locus_tag-
NCBI NameLOC131008779
原始查询SmilChr02G004787

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831605]; symbol=AT5G17390; hit=AT5G17390; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831605]; symbol=AT5G17390; hit=AT5G17390; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G17390 (AT5G17390)
Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831605]
identity=51.5; qcov=0.781; evalue=1.12e-48; confidence=medium
RiceOs12g0501400
-
identity=41.7; qcov=1.04; evalue=5.15e-48; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00582 (Usp)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008779

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057791789.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791789.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791789.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791789.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791789.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70026562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C38,C70
Chr2:70026677 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C82
Chr2:70026677 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 C82
Chr2:70027009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:70027074 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr2:70027125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr2:70027231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791789.1
219 aa
N
1
110
219
Usp
C
PF00582 Usp 59-196 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791789.1 Pfam PF00582 Usp Domain 59 196 2.1e-14 55.0 Universal stress protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935806.1
AGGCACGTCGCACAGCCCCACCGTAGAAAAACACACACACACACACACGACACAGAATCAAGAATATGATCACCATGATGTTTAATATTGCAAACACATAATTAATTAAGTCAACATAATATATATAAGACTAAATGAGACAGTTCCACATACAAGTCTGAGCAGAAACAGAAATAGACGAGAGTTGCTTCTTACACGAGTTGAGGAAGAGATGCCTGGTTTCTGCATGAGTCGTGCTGCTACGCGCATCCGTGCCCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008779
ATGCCTGGTTTCTGCATGAGTCGTGCTGCTACGCGCATCCGTGCCCGTGTTCGGGTCCGTTCGCCCTCTCAGCAGTACAAGAAAACTGCAAGTTTCATCAAAGCACAGGACAAGTCAGATGGGGTCAGTGAGTTCAGCTTCAACAGCTGTCTGCCCGAATCTGAATCCGGGAACAGGGTGATGATCGTAGTTGACTCCGGCCCCGAAGCTAGGGTGGCGCTCGAGTGGGCACTGTCTCACACGGTCCAAAGCCACGACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791789.1
MPGFCMSRAATRIRARVRVRSPSQQYKKTASFIKAQDKSDGVSEFSFNSCLPESESGNRVMIVVDSGPEARVALEWALSHTVQSHDTIVLLHVARKDGNTNGEIDQTAYDLLHSSKNMCQHKRPEVHVEMAVREGKDKGATILEEAKRVRVSLLVLGQRKQSFLRRLQMIWASKRNGSRFVDYCIQNANCMTIAVRRKNRKYGGYLITTKRHKNFWLLA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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