Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004796`

染色体: Chr02 坐标: 70148259-70153558 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004796`
名称	SmilChr02G004796
描述	protein LONGIFOLIA 2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	70148259 - 70153558 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008787`
GeneID	`131008787`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008787`
原始查询	`SmilChr02G004796`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein LONGIFOLIA 2-like
产物	protein LONGIFOLIA 2-like
Arabidopsis	`AT1G74160` (TRM4) LONGIFOLIA protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843756] identity=44.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os07g0109400` (OJ1567_G09.117) - identity=34.7; qcov=1.08; evalue=5.45e-119; confidence=low
GO	GO:0051513 (regulation of monopolar cell growth)
KEGG	-
Pfam	PF14309 (DUF4378); PF14383 (VARLMGL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057791797.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057791797.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057791797.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791797.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791797.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:70148486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B67,B85,C29,C85
`Chr2:70148507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr2:70148519`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B67,B85,C29,C85
`Chr2:70148535`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B67,B85,C29,C85
`Chr2:70148589`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr2:70148604`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr2:70148675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr2:70148690`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B100
`Chr2:70148690`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B100
`Chr2:70148692`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr2:70148696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr2:70148722`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791797.1

1076 aa

538

1076

VARLMGL

DUF4378

PF14383 VARLMGL 313-334 aa PF14309 DUF4378 876-1055 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791797.1`	Pfam	`PF14383`	VARLMGL	Domain	313	334	2.4e-09	37.3	DUF761-associated sequence motif
`XP_057791797.1`	Pfam	`PF14309`	DUF4378	Domain	876	1055	7.8e-33	114.9	LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935814.1
CAAAATCACATGTAAATGCAGACACACACACCCACATACCCTATCCCACATGGCAGTTGCATTGCTGGCCTCCTCACCTCCCTCCTTCCTCATTTCTTCACAATTTAATACTCTTTTTTTCCTTTAACCTTTCATCTTTGGCTTTTTCTCTCTTATCATGGCTTCCTCTACACATGGATCATGCCCCATACTCTCTTCCAACAACTGACCGCTTCTGCCCTCTCCGCATTTCCTTCTTCTCTTCACACTTCCATTCACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008787
ATGGCAGCGAGGCTTTTGCATTCTTTAACAGATGAGAATCCAGATTTGCAAATAGGGTGTATGACTGGGATCTTTCAAATGTTTGATCGCCAACACATGCTTAGCAACACCACCAAGAGGCTGCCGCCGCCGCCTCCCGGAAGTTCCCACATCAGTAGTGATACATTGAGAGATTCTAATGGTGCAAACCCGAAGCCCTCATCATTGGATAAGTATTCTTACAAGAATATGCAAGACCGGCAAAGATACTCCATTGAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791797.1
MAARLLHSLTDENPDLQIGCMTGIFQMFDRQHMLSNTTKRLPPPPPGSSHISSDTLRDSNGANPKPSSLDKYSYKNMQDRQRYSIESSRPSFSSSSHSSSFSSLDCNKATQLEAGSFDRMVFPETPSRDPAMSLQNTSPQFSRQSVDLRDLVKESIYRETHGSSVKAKPTEGAAVPFMYRDSPRLQSKTNDSDKKRSTPADIKESLRILAKLQENNEPRALLRSSSYHYKDGSSFSISKDTPFSIPKDTPRFSYDGRETN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器