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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004802

染色体: Chr02 坐标: 70202246-70206784 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004802
名称SmilChr02G004802
描述uncharacterized SmilChr02G004802
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70202246 - 70206784 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008791
GeneID131008791
locus_tag-
NCBI NameLOC131008791
原始查询SmilChr02G004802

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0134050; species=rice; confidence=high
产物hit=Os06g0134050; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G45330 (emb1067)
RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819141]
identity=72.5; qcov=0.791; evalue=1.77e-109; confidence=high
RiceOs06g0134050
-
identity=72.9; qcov=0.814; evalue=2.61e-113; confidence=high
GOGO:0000215 (tRNA 2'-phosphotransferase activity); GO:0006388 (tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation)
KEGG-
PfamPF01885 (PTS_2-RNA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008791

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057791802.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791805.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057791804.1
4 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057791805.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057791805.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70202481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B52
Chr2:70202568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B135,B14,B66,C85
Chr2:70202576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C49
Chr2:70202686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr2:70202720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr2:70204383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr2:70204598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:70204684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr2:70206544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B55,D8
Chr2:70206550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,C48,C8
Chr2:70206560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B140,B42,B43,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791802.1
318 aa
N
1
159
318
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 114-293 aa
XP_057791803.1
316 aa
N
1
158
316
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 112-291 aa
XP_057791804.1
266 aa
N
1
133
266
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 114-258 aa
XP_057791805.1
258 aa
N
1
129
258
PTS_2-RNA
C
PF01885 PTS_2-RNA 54-233 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791802.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 114 293 1.5e-56 191.9 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family
XP_057791803.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 112 291 1.6e-56 191.9 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family
XP_057791804.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 114 258 1.9e-42 146.1 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family
XP_057791805.1 Pfam PF01885 PTS_2-RNA Family 54 233 9.3e-57 192.6 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935820.1
ATTTTCGTTCATTTTCAACCGGCAATAAAACGCTGCTTGTAAGGTATTCGGAGTTGGGGTTAGAAACTCTTTCAAAATTGAATCGTTTACTAAGCGAGGCGAATTGAGGTCGATAAAAGTTTGGAGTGGAGCTCGAACCTGATTATGCTCAGTCGACATGCTCGTGAGAGCCATAAACCAGCTTGTACGTGAAACTCGAACCCGTCTCTCTCTCACTTTCACAAGCCTCACTCCCTCCTTCACACCAAATCCCCAAAATC...
XM_057935819.1
TAAAACGCTGCTTGTAAGGTATTCGGAGTTGGGGTTAGAAACTCTTTCAAAATTGAATCGTTTACTAAGCGAGGCGAATTGAGGTCGATAAAAGTTTGGAGTGGAGCTCGAACCTGATTATGCTCAGTCGACATGCTCGTGAGAGCCATAAACCAGCTTGTACGTGAAACTCGAACCCGTCTCTCTCTCACTTTCACAAGCCTCACTCCCTCCTTCACACCAAATCCCCAAAATCCATTCTTCTCTGCCGCTGCTCCGCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131008791
ATGCTCGTGAGAGCCATAAACCAGCTTGTACGTGAAACTCGAACCCGTCTCTCTCTCACTTTCACAAGCCTCACTCCCTCCTTCACACCAAATCCCCAAAATCCATTCTTCTCTGCCGCTGCTCCGCCTCCGCTCGCCATCCAAGCTGACGAAAGATTCCAACACTCAAGGTTGATGGAAAGGCATCTCAAGCCAGCTGGAAACCCCACTTTTATTACCTTGGCTCATTCTAACAGAAGTGGTGGGAGCAGAGGTAGAAG...
LOC131008791
ATGCTCGTGAGAGCCATAAACCAGCTTGTACGTGAAACTCGAACCCGTCTCTCTCTCACTTTCACAAGCCTCACTCCCTCCTTCACACCAAATCCCCAAAATCCATTCTTCTCTGCCGCTGCTCCGCCTCCGCTCGCCATCCAAGCTGACGAAAGTTCCAGATTCCAACACTCAAGGTTGATGGAAAGGCATCTCAAGCCAGCTGGAAACCCCACTTTTATTACCTTGGCTCATTCTAACAGAAGTGGTGGGAGCAGAGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057791802.1
MLVRAINQLVRETRTRLSLTFTSLTPSFTPNPQNPFFSAAAPPPLAIQADESSRFQHSRLMERHLKPAGNPTFITLAHSNRSGGSRGRRIETKDYHERSRGNCCISFGDNKIDALGRLLTRILRHKASELNIYMRNDGYVKVQDLLKLNLKTMANIPLRSHTVEDIREVVRHDNKQRFSLLEENGELLLRANQGHSIATVETESLLKPILSPEEVPVCVHGTYKSNLESILREGLKRMQRLHVHFSSGLPRNVEVVSGMR...
XP_057791803.1
MLVRAINQLVRETRTRLSLTFTSLTPSFTPNPQNPFFSAAAPPPLAIQADERFQHSRLMERHLKPAGNPTFITLAHSNRSGGSRGRRIETKDYHERSRGNCCISFGDNKIDALGRLLTRILRHKASELNIYMRNDGYVKVQDLLKLNLKTMANIPLRSHTVEDIREVVRHDNKQRFSLLEENGELLLRANQGHSIATVETESLLKPILSPEEVPVCVHGTYKSNLESILREGLKRMQRLHVHFSSGLPRNVEVVSGMRRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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