Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004828`

染色体: Chr02 坐标: 70383222-70384193 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004828`
名称	SmilChr02G004828
描述	uncharacterized SmilChr02G004828
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	70383222 - 70384193 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008822`
GeneID	`131008822`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008822`
原始查询	`SmilChr02G004828`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G19260` (AT1G19260) TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509] identity=43; qcov=0.905; evalue=1.25e-49; confidence=medium
Rice	`-` -
GO	GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008822

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791861.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057791861.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791861.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791861.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057791861.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:70383294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,B40,B57,D4
`Chr2:70383302`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,D4
`Chr2:70383319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A4,B59,C15
`Chr2:70383319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B59,C15
`Chr2:70383460`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B37
`Chr2:70383460`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B37
`Chr2:70383463`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr2:70383478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	52	A1,A13,A3,A5,B100,B103,B109,B112,B113,B114,B115,B120,B126,B127,B137,B14,B17,B2,B21,B22,B25,B34,B37,B41,B53,B59,B62,B63,B72,B73,B74,B85,B91,C15,C25,C27,C28,C39,C41,C46,C47,C53,C55,C56,C66,C71,C8,C83,C86,D10,D3,D8
`Chr2:70383493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B37,C27,C83,D3
`Chr2:70383738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A8,B73,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791861.1

221 aa

110

221

Dimer_Tnp_hAT

PF05699 Dimer_Tnp_hAT 122-181 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791861.1`	Pfam	`PF05699`	Dimer_Tnp_hAT	Domain	122	181	4.2e-07	30.4	hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935878.1
GGAAATAATTTGTGATGAAGTCAATAGATTTTGTGAGGTGAATGCTATTTCTTTGATTGATATGGAAGACACGATAACACGACCTGGTTATAGAAGACAGAGCATCACCAATGATCATTATTACCGTGTGGAGATTTTTACAGAGGTTGTTGATTTAATCATACAAGAGATGAATAATCGTTTTTCTGAAGCTAGCACCGATCTACTAAGATGCATGGCATGTCTTGATCCAAGAGATTCTTTCTCCCAATTCGATATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008822
ATGGAAGACACGATAACACGACCTGGTTATAGAAGACAGAGCATCACCAATGATCATTATTACCGTGTGGAGATTTTTACAGAGGTTGTTGATTTAATCATACAAGAGATGAATAATCGTTTTTCTGAAGCTAGCACCGATCTACTAAGATGCATGGCATGTCTTGATCCAAGAGATTCTTTCTCCCAATTCGATATTAATCAACTCATGCATTTTACTACTTGGTATCCTGAAGACTTCTCCGCAGGTGATTGTTTATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791861.1
MEDTITRPGYRRQSITNDHYYRVEIFTEVVDLIIQEMNNRFSEASTDLLRCMACLDPRDSFSQFDINQLMHFTTWYPEDFSAGDCLCLPQQLRNFIVLVRHHPRFSTITDLGSFAQEMVKSGNHLIFQCVYRMIELTLVLPVATASVERAFSAMKLVKSDLRNRMQDEWMNDSLIVYIEKDIFSTIDNEKILQHFQSMRTRRNQLSSLSQTETTSSPSIYS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器