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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004832

染色体: Chr02 坐标: 70431909-70435197 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004832
名称SmilChr02G004832
描述SNAP25 homologous protein SNAP33-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70431909 - 70435197 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008827
GeneID131008827
locus_tag-
NCBI NameLOC131008827
原始查询SmilChr02G004832

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述SNAP25 homologous protein SNAP33-like
产物SNAP25 homologous protein SNAP33-like
ArabidopsisAT5G61210 (SNAP33)
soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor adaptor protein 33 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836242]
identity=58.8; qcov=1.01; evalue=7.66e-115; confidence=high
RiceOs02g0437200 (OsSNAP32)
-
identity=55; qcov=0.925; evalue=1.5e-97; confidence=high
GOGO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0031201 (SNARE complex)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057791870.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057791870.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057791870.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057791870.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791870.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70432381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:70432705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B95,C14
Chr2:70433745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B34,B64,C5,C74
Chr2:70433797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr2:70433818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B111,B122,B84,C22
Chr2:70433991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B84
Chr2:70434038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:70434078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935887.1
ACTTTCGAAATTAAAAAAAGAGCCATAACGAGTTTTGAATATTTCCACGAGCTGCAATTTCTTGACAGTTTCTTCCTCCTCTTACCGATTCCATTGACAAAGATTTTTCATGAATTCCTCTTACATATACGTTTCAATCATGCTAACCAACTAAATCCACTTCACATTTGATTTCTCAATTTTTCCCTCTCTAGATTGGTTGCCTTTCTCAGTAACCAGAGCCATTTCATACGATCTAACGCAAGATTATCCCACAATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008827
ATGTTCGGTCACAAGAAGTCTCCCTTGCATAGGTTTTCAAGGCACAAGTCAGCTGACCCTTCTGACTTCCCTAATCATCAAACTAATCCATTTGAATCAAACGATGAGTTGAAATCGGTTAAAGATTCTGGAAGAACTTCATCAGAACCTGCTCTGGTGACACCAGATTTCAATTCAAACCCCTTTGATGATGATGGCAATGATGTTCGAGGAACCTCATCATCTCAGAGCTTTTTCAATTCCTCGGCAAGAAACAAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791870.1
MFGHKKSPLHRFSRHKSADPSDFPNHQTNPFESNDELKSVKDSGRTSSEPALVTPDFNSNPFDDDGNDVRGTSSSQSFFNSSARNKYKNDFRDSGGLESQTVEELENYAVYKAEDTTKTVNSCLKIAEDMREEATNTLVMLHQQGEQITRTHTVAADIEYDLSRGEKLLGSLGGMFSKTWKPKKNRAIKGPSTTRGDPVQRKGNHLEQRERLGLSSASKERSSNARKPLSDPTDALQKVEVEKGKQDDALVDLSNILGEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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