Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004844`

染色体: Chr02 坐标: 70570664-70571957 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004844`
名称	SmilChr02G004844
描述	hydrophobic protein LTI6B
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	70570664 - 70571957 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008841`
GeneID	`131008841`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008841`
原始查询	`SmilChr02G004844`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hydrophobic protein LTI6B
产物	hydrophobic protein LTI6B
Arabidopsis	`AT3G05880` (RCI2A) Low temperature and salt responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819757] identity=74.1; qcov=0.982; evalue=7.93e-25; confidence=medium
Rice	`Os05g0138300` (OsLti6b) - identity=83; qcov=0.964; evalue=1.32e-27; confidence=medium
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01679 (Pmp3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057791900.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057791900.1`
3	Secretory vesicle	Secretory vesicle	0.20000	`XP_057791900.1`
4	Vesicle	囊泡	0.20000	`XP_057791900.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791900.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:70570846`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B99
`Chr2:70571012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791900.1

55 aa

Pmp3

PF01679 Pmp3 6-52 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791900.1`	Pfam	`PF01679`	Pmp3	Family	6	52	1.3e-21	77.0	Proteolipid membrane potential modulator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935917.1
GTAGTATATATTAATGCGTAACCCCATTCTTAAATTTCATTCCCAACTTTGGAAGTCTTGTTATATAATCTCCACATCAAATAGAAGGAAATTATTTTGTTTCATTTGTGAAAAATGGCAGCAGCAACTTGTATTGATATTATTGTGGCAATTATTTTGCCCCCTCTTGGAGTCTTCCTCAAGTTCGGCTGCAAGCATGAGTTCTGGCTATGTTTGCTGCTGACCCTTCTCGGTTATATTCCTGGGATCATATATGCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008841
ATGGCAGCAGCAACTTGTATTGATATTATTGTGGCAATTATTTTGCCCCCTCTTGGAGTCTTCCTCAAGTTCGGCTGCAAGCATGAGTTCTGGCTATGTTTGCTGCTGACCCTTCTCGGTTATATTCCTGGGATCATATATGCTGTCTACGCCATCACCAAGAACTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791900.1
MAAATCIDIIVAIILPPLGVFLKFGCKHEFWLCLLLTLLGYIPGIIYAVYAITKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器