当前解析结果
SmilChr02G004848| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004848 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004848 |
| 描述 | protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 70614100 - 70617083 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008845 |
|---|---|
| GeneID | 131008845 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008845 |
| 原始查询 | SmilChr02G004848 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 8-like |
| 产物 | protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 8-like |
| Arabidopsis | AT5G27210 (Cand8)Protein of unknown function, transmembrane-40 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832779] identity=55.2; qcov=0.884; evalue=2.75e-105; confidence=high |
| Rice | Os03g0756400 (OSJNBb0081K01.6)- identity=54.5; qcov=0.884; evalue=2.73e-104; confidence=high |
| GO | GO:0004930 (G protein-coupled receptor activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0007186 (G protein-coupled receptor signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10160 (Tmemb_40) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008845 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057791908.1 |
| 2 | Endosome | 内体 | 0.40000 | XP_057791909.1 |
| 3 | Endosome membrane | 内体膜 | 0.40000 | XP_057791909.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057791908.1 |
| 5 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057791908.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:70614680 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr2:70615697 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C52 |
Chr2:70615697 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr2:70615844 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,B73,C17 |
Chr2:70616208 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr2:70616260 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,C12 |
Chr2:70616713 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | A9,B100,B24,B6,B91,B94,C49,C58,C60,C63 |
Chr2:70616760 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B118,B124,B84,D11 |
Chr2:70616840 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A10,B109,B130,B7,B89,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791908.1PF10160
Tmemb_40 38-318 aa
XP_057791909.1PF10160
Tmemb_40 38-290 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791908.1 |
Pfam | PF10160 |
Tmemb_40 | Family | 38 | 318 | 1.4e-92 | 310.5 | Predicted membrane protein |
XP_057791909.1 |
Pfam | PF10160 |
Tmemb_40 | Family | 38 | 290 | 1.2e-98 | 330.3 | Predicted membrane protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。