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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004848

染色体: Chr02 坐标: 70614100-70617083 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004848
名称SmilChr02G004848
描述protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 8-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70614100 - 70617083 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008845
GeneID131008845
locus_tag-
NCBI NameLOC131008845
原始查询SmilChr02G004848

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 8-like
产物protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 8-like
ArabidopsisAT5G27210 (Cand8)
Protein of unknown function, transmembrane-40 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832779]
identity=55.2; qcov=0.884; evalue=2.75e-105; confidence=high
RiceOs03g0756400 (OSJNBb0081K01.6)
-
identity=54.5; qcov=0.884; evalue=2.73e-104; confidence=high
GOGO:0004930 (G protein-coupled receptor activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0007186 (G protein-coupled receptor signaling pathway)
KEGG-
PfamPF10160 (Tmemb_40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008845

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057791908.1
2 Endosome 内体 0.40000 XP_057791909.1
3 Endosome membrane 内体膜 0.40000 XP_057791909.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057791908.1
5 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057791908.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70614680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr2:70615697 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C52
Chr2:70615697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr2:70615844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B73,C17
Chr2:70616208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr2:70616260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C12
Chr2:70616713 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A9,B100,B24,B6,B91,B94,C49,C58,C60,C63
Chr2:70616760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B124,B84,D11
Chr2:70616840 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A10,B109,B130,B7,B89,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791908.1
331 aa
N
1
166
331
Tmemb_40
C
PF10160 Tmemb_40 38-318 aa
XP_057791909.1
303 aa
N
1
152
303
Tmemb_40
C
PF10160 Tmemb_40 38-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791908.1 Pfam PF10160 Tmemb_40 Family 38 318 1.4e-92 310.5 Predicted membrane protein
XP_057791909.1 Pfam PF10160 Tmemb_40 Family 38 290 1.2e-98 330.3 Predicted membrane protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935926.1
ATATTTTCTTTGAGTTGGGGGACGGTATTGAATAAATAAATGGTTTTAGGGGGCAAAACTACGAATAACCAAATTAAGAGGGGTAAAATGTGAAAGTATCAAAACTCTAAACCCACACAAAACACCACCACCTCATGGTTCAATAGACTCGTAGCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACGCATTTTCTCTCTCAAATCGTACTAAACTACTAATCGGCAATTGCTGATCTCCGAAGCTGCAAATTTGCATTTGATG...
XM_057935925.1
CAAAACACCACCACCTCATGGTTCAATAGACTCGTAGCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACGCATTTTCTCTCTCAAATCGTACTAAACTACTAATCGGCAATTGCTGATCTCCGAAGCTGCAAATTTGCATTTGATGATCGATGAAGCATTTCGATTCCCCCATGATTGATCGGATGATTGTCGCTCCGCTAAATTGAATCGAATTCGGCGAATGTCAAACCCTAATATAACCCTCTCGATTGCTTCAGGGCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008845
ATGTCAAACCCTAATATAACCCTCTCGATTGCTTCAGGGCAGAACATAACGGATCCTCCCGTGCGGACCAAAATCGTGAGAATTTCTGAATGGTACAGCTCTCAAAGCGAGGGATGCAACAGTTTCTGGCGCGAGGCGGCCCTTGTTGTACCCTCGGTTTTGTTGGTGTTGTACTTAGGGTTCCAGGCAAGGCGTAATGTAAAGAAGCTGCGCCACCGGAAGTCTTACGTCATGATTGCGTACTACGCGCTGTTATGGTT...
LOC131008845
ATGTCAAACCCTAATATAACCCTCTCGATTGCTTCAGGGCAGAACATAACGGATCCTCCCGTGCGGACCAAAATCGTGAGAATTTCTGAATGGTACAGCTCTCAAAGCGAGGGATGCAACAGTTTCTGGCGCGAGGCGGCCCTTGTTGTACCCTCGGTTTTGTTGGTGTTGTACTTAGGGTTCCAGGCAAGGCGTAATGTAAAGAAGCTGCGCCACCGGAAGTCTTACGTCATGATTGCGTACTACGCGCTGTTATGGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791908.1
MSNPNITLSIASGQNITDPPVRTKIVRISEWYSSQSEGCNSFWREAALVVPSVLLVLYLGFQARRNVKKLRHRKSYVMIAYYALLWLSALLNLAWALLQGWECVPEKATAWNLLSLLTECGMLSLEISIVAFLLQENYANGLEALAHTFLVSGSFVAVDVLIQAIFIFGFGVPLFTNADTAHWGKWTLLFVHTLVLTAVYCYILFVHYSKWRDKLPPRPSFYNYVVTLFALNVLGLIASGLSGIGFGVGFWLYNLLIICR...
XP_057791909.1
MSNPNITLSIASGQNITDPPVRTKIVRISEWYSSQSEGCNSFWREAALVVPSVLLVLYLGFQARRNVKKLRHRKSYVMIAYYALLWLSALLNLAWALLQGWECVPEKATAWNLLSLLTECGMLSLEISIVAFLLQENYANGLEALAHTFLVSGSFVAVDVLIQAIFIFGFGVPLFTNADTAHWGKWTLLFVHTLVLTAVYCYILFVHYSKWRDKLPPRPSFYNYVVTLFALNVLGLIASGLSGIGFGVGFWLYNLLIICR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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