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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004849

染色体: Chr02 坐标: 70619616-70643144 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004849
名称SmilChr02G004849
描述DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH14
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70619616 - 70643144 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008846
GeneID131008846
locus_tag-
NCBI NameLOC131008846
原始查询SmilChr02G004849

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH14
产物DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH14
ArabidopsisAT5G61140 (AT5G61140)
U5 small nuclear ribonucleoprotein helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836235]
identity=75.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0213400
-
identity=74.9; qcov=0.545; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG-
PfamPF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF02889 (Sec63); PF04851 (ResIII); PF23445 (WHD_SNRNP200); PF24557 (DExH14_plug)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008846

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791910.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057791910.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791910.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791910.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70620417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B17
Chr2:70620499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B69,B94,D6
Chr2:70620507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:70621303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr2:70621337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B65
Chr2:70622948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:70623064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr2:70623205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,C24,C51
Chr2:70623836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C29
Chr2:70624795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B125,B138,B35,B37
Chr2:70624852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr2:70631751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791910.1
2086 aa
N
1
1043
2086
DExH14_plug
DEAD
ResIII
Helicase_C
WHD_SNRNP200
Sec63
ResIII
DEAD
Helicase_C
WHD_SNRNP200
Sec63
C
PF24557 DExH14_plug 44-146 aa PF00270 DEAD 442-616 aa PF04851 ResIII 449-615 aa PF00271 Helicase_C 731-819 aa PF23445 WHD_SNRNP200 850-909 aa PF02889 Sec63 941-1247 aa PF04851 ResIII 1289-1422 aa PF00270 DEAD 1289-1456 aa PF00271 Helicase_C 1567-1654 aa PF23445 WHD_SNRNP200 1685-1766 aa PF02889 Sec63 1771-2082 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791910.1 Pfam PF24557 DExH14_plug Domain 44 146 2.5e-39 134.8 DExH14 plug domain
XP_057791910.1 Pfam PF00270 DEAD Domain 442 616 1.2e-63 214.6 DEAD/DEAH box helicase
XP_057791910.1 Pfam PF04851 ResIII Family 449 615 1.2e-25 91.1 Type III restriction enzyme, res subunit
XP_057791910.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 731 819 1.9e-22 80.3 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057791910.1 Pfam PF23445 WHD_SNRNP200 Domain 850 909 2.3e-48 163.0 Winged Helix-turn-helix domain
XP_057791910.1 Pfam PF02889 Sec63 Family 941 1247 2.1e-156 519.3 Sec63 Brl domain
XP_057791910.1 Pfam PF04851 ResIII Family 1289 1422 1.2e-25 91.1 Type III restriction enzyme, res subunit
XP_057791910.1 Pfam PF00270 DEAD Domain 1289 1456 1.2e-63 214.6 DEAD/DEAH box helicase
XP_057791910.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 1567 1654 1.9e-22 80.3 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057791910.1 Pfam PF23445 WHD_SNRNP200 Domain 1685 1766 2.3e-48 163.0 Winged Helix-turn-helix domain
XP_057791910.1 Pfam PF02889 Sec63 Family 1771 2082 2.1e-156 519.3 Sec63 Brl domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935927.1
AGAAAACCCCACTATTTTTAGCGAACAGTCAGTCTCACAGTTTTCCTCAGCTGAAAGAGCACAGTTGCCCAAATTCATCGCACAAAATGTTGGTGGAACTCCCGCGCTTAACCAATTCTCTCAGGTCACCCTTCGATGCCGATCAGGCGTATCTAAACCGTAAATCCTTCCTCCAAAACCTGAATCGCAGTAGTTCTGCAGCTGCGGCTGGAGAGTCGGAACTAGCGCGCAAGATCATTTATCGGTGGGATGAAGGTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008846
ATGTTGGTGGAACTCCCGCGCTTAACCAATTCTCTCAGGTCACCCTTCGATGCCGATCAGGCGTATCTAAACCGTAAATCCTTCCTCCAAAACCTGAATCGCAGTAGTTCTGCAGCTGCGGCTGGAGAGTCGGAACTAGCGCGCAAGATCATTTATCGGTGGGATGAAGGTTCTTTTGAGGCACGCCAGTTGTACAAGCAATTTGTGGCGGCTGTGGTTGAATTGATGGGTGGTGAAGTGGTATCTGAGGAGTTTCAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791910.1
MLVELPRLTNSLRSPFDADQAYLNRKSFLQNLNRSSSAAAAGESELARKIIYRWDEGSFEARQLYKQFVAAVVELMGGEVVSEEFQEVAIKAYRLFSGTIESEEYERDRRILSKKFELQKIVGHTVLDANTLKVASLVERLSSLQNKEHGSDYLPELTSEGSEDVEFGADLAFEPPARFLVEISLDNGEVFLEETGTSSSNHVGWSNNGGSANSHTSIGAGSYDLEWLRDACDRIVRASTSQLPRDELAMTICRILDSEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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