Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004852`

染色体: Chr02 坐标: 70678035-70679714 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004852`
名称	SmilChr02G004852
描述	ammonium transporter 1 member 3-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	70678035 - 70679714 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008849`
GeneID	`131008849`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008849`
原始查询	`SmilChr02G004852`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ammonium transporter 1 member 3-like
产物	ammonium transporter 1 member 3-like
Arabidopsis	`AT4G13510` (AMT1;1) ammonium transporter 1;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826983] identity=65.8; qcov=0.948; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0620600` (AMT1) - identity=65.9; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0008519 (ammonium channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0072488 (ammonium transmembrane transport); GO:0097272 (ammonium homeostasis)
KEGG	-
Pfam	PF00909 (Ammonium_transp)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057791920.1`
2	Endosome	内体	0.80000	`XP_057791920.1`
3	Endosome membrane	内体膜	0.80000	`XP_057791920.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.60000	`XP_057791920.1`
5	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.40000	`XP_057791920.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:70678301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B126,C8,D5
`Chr2:70678398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B37
`Chr2:70678398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr2:70678449`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr2:70678502`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr2:70678556`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:70678580`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr2:70678604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr2:70678615`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B59
`Chr2:70678615`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B59
`Chr2:70678624`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr2:70678625`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B93,C82,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791920.1

466 aa

233

466

Ammonium_transp

PF00909 Ammonium_transp 18-443 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791920.1`	Pfam	`PF00909`	Ammonium_transp	Family	18	443	7.6e-123	410.9	Ammonium Transporter Family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935937.1
TCAATGATTCTTAGTGCTTGGGCTATCAATTAATAACAAGTGACCATGCATTCCAAACATCCATGCAAGCAAGTTGAGCTAAATTTCAAACATCTCAACAAATAATATCTCCATATATACTAACCCCACACTCTTCTTTCTAGCTCCAAAAACTATGGAACTCTCATGGGAGTCAAGTGTGGAAGAATCCATCAATGCCATCTATCTCCTCTTCTCAGCCTACTTAGTGTTCGTCATGCAACTCGGCTTCGCCATGCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008849
ATGGAACTCTCATGGGAGTCAAGTGTGGAAGAATCCATCAATGCCATCTATCTCCTCTTCTCAGCCTACTTAGTGTTCGTCATGCAACTCGGCTTCGCCATGCTGTGCGCGGGCTCGGTCCGGGCCAAGAACGCCATGAACATCATGCTCACCAACGTGGTCGACGCCGCCGTGGGCAGCCTCTCCTACTTCTTGTTCGGGTTCGCCTTCGCCTTCGGGGAGGGCCCGAACGAGAACCCCTTCATCGGGACGAGCTACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791920.1
MELSWESSVEESINAIYLLFSAYLVFVMQLGFAMLCAGSVRAKNAMNIMLTNVVDAAVGSLSYFLFGFAFAFGEGPNENPFIGTSYFALKDVPTASYDYSFFLYQWAFAIAVAGITSGSIAERTQFGAYLIFSFFLSGFVYPIVAHWVWSSSGWLSPNSSSRLFGSGAIDFAGSGAVHLVGGVAGLWGCIIEGPRVGRFDAFGKSVIMRGHNATLVVLGTFLLWFGWFGFNPGSFNKIMVAYPTTVGQGNWTAVGRTAVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器