Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004860`

染色体: Chr02 坐标: 70725471-70736174 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004860`
名称	SmilChr02G004860
描述	formin-like protein 20
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	70725471 - 70736174 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008858`
GeneID	`131008858`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008858`
原始查询	`SmilChr02G004860`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	formin-like protein 20
产物	formin-like protein 20
Arabidopsis	`AT5G07740` (AT5G07740) actin binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770686] identity=51.9; qcov=0.379; evalue=0; confidence=low
Rice	`Os07g0596300` (BUI1) - identity=62.4; qcov=0.248; evalue=3.74e-171; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02181 (FH2); PF10409 (PTEN_C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008858

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057791936.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057791936.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791936.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791936.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791936.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:70726436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B37
`Chr2:70726451`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,C34,C64
`Chr2:70726456`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B100,B104,B26,C14,C83
`Chr2:70726456`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B100,B104,B26,C14,C83
`Chr2:70727171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C57
`Chr2:70727567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr2:70727651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr2:70728133`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B69,D6
`Chr2:70728238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr2:70728259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B22,B99,C7,C75
`Chr2:70728261`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D10
`Chr2:70728261`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791936.1

1682 aa

841

1682

PTEN_C2

FH2

PF10409 PTEN_C2 201-339 aa PF02181 FH2 1284-1652 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791936.1`	Pfam	`PF10409`	PTEN_C2	Domain	201	339	9.4e-30	103.8	C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein
`XP_057791936.1`	Pfam	`PF02181`	FH2	Family	1284	1652	5.7e-113	378.5	Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009096358.1
GCCATGCTACGAAATGGCAATCTAGAAAAAAATTAATTAAAAGCAAAAAAACAAAAAAAAAGAATAAACAATAAAAAAACAATAACGGAAATCGGAGTGGCTTTGAATCTCTGTCAGGGTCAGGCGTATCCACCTGATGAAGCTTCTTCCCCATATGCAGACAACTCCATGATCTCTCTCTCTCTGCATGTATCTATCCCTGCATTAATCTTTTTTTTATTTTTTCTTTTTTTCAAAAACTTCCTGTAATAAATTGATCG...

XM_057935953.1
GCTACGAAATGGCAATCTAGAAAAAAATTAATTAAAAGCAAAAAAACAAAAAAAAAGAATAAACAATAAAAAAACAATAACGGAAATCGGAGTGGCTTTGAATCTCTGTCAGGGTCAGGCGTATCCACCTGATGAAGCTTCTTCCCCATATGCAGACAACTCCATGATCTCTCTCTCTCTGCATGTATCTATCCCTGCATTAATCTTTTTTTTATTTTTTCTTTTTTTCAAAAACTTCCTGTAATAAATTGATCGGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008858
ATGGCGCTGTTCAGAAGGTTCTTCTACCGGAAGCCGCCGGATCGACTTCTGGAAATCTCTGAGAGGGTCTATGTGTTTGATTGCTGCTTCTCCACTCATGTGCTTGATGAGGATGAGTACAGGACATACTTGAATGGGATTGTAGCTCAGCTACAAAATCACTACCCTGATGCTGCTTTCATGGTTTTCAATTTCAAAGAAGGGGACGGTAGGAGCATATTATCTGATCTGTTAGCTCAGTATGATATGACAGTCATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791936.1
MALFRRFFYRKPPDRLLEISERVYVFDCCFSTHVLDEDEYRTYLNGIVAQLQNHYPDAAFMVFNFKEGDGRSILSDLLAQYDMTVMDYPQQYERCPLLPMEMINHFLRSSENWLTVEGQHNILLMLCERGGWPVLAFMLAGLLLYRKQYTGEQKTLEMVYKQAPRDLLSLLTPLNPQPSQLRYLQYISRRDSRLDWPSSDPPLALDYMILRALPLYDDGQGCRPIVRVYGHESSSRLSNISTKLLFSSSKVTKDIPYYRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器