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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004868

染色体: Chr02 坐标: 70784098-70786981 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004868
名称SmilChr02G004868
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70784098 - 70786981 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009944
GeneID131009944
locus_tag-
NCBI NameLOC131009944
原始查询SmilChr02G004868

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
产物probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
ArabidopsisAT4G08850 (AT4G08850)
Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826456]
identity=38.3; qcov=0.912; evalue=8.79e-166; confidence=medium
RiceOs02g0553000
-
identity=37.3; qcov=0.931; evalue=1.95e-160; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793326.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793326.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793326.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793326.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793326.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70784162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C57
Chr2:70784195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr2:70784263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:70784285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:70784288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B104,B84
Chr2:70784301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:70784302 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B84
Chr2:70784302 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 1 B84
Chr2:70784303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B65,B84,B98,C39
Chr2:70784305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr2:70784319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B104,B84
Chr2:70784328 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 20 A14,A23,A6,B104,B11,B113,B22,B63,B68,B9,B99,C2,C21,C32,C35,C43,C65,C68,D4,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793326.1
878 aa
N
1
439
878
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF23598 LRR_14 90-248 aa PF13855 LRR_8 93-148 aa PF00560 LRR_1 117-139 aa PF00560 LRR_1 166-188 aa PF23598 LRR_14 184-294 aa PF00560 LRR_1 215-237 aa PF00560 LRR_1 264-286 aa PF13855 LRR_8 264-323 aa PF13855 LRR_8 287-347 aa PF00560 LRR_1 288-310 aa PF00560 LRR_1 312-334 aa PF13855 LRR_8 335-395 aa PF00560 LRR_1 360-382 aa PF00560 LRR_1 456-475 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 586-855 aa PF00069 Pkinase 587-853 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793326.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 90 248 2.3e-40 139.2 Leucine-rich repeat region
XP_057793326.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 93 148 3.4e-35 120.3 Leucine rich repeat
XP_057793326.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 117 139 3.4e-36 116.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793326.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 166 188 3.4e-36 116.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793326.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 184 294 2.3e-40 139.2 Leucine-rich repeat region
XP_057793326.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 215 237 3.4e-36 116.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793326.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 264 286 3.4e-36 116.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793326.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 264 323 3.4e-35 120.3 Leucine rich repeat
XP_057793326.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 287 347 3.4e-35 120.3 Leucine rich repeat
XP_057793326.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 288 310 3.4e-36 116.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793326.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 312 334 3.4e-36 116.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793326.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 335 395 3.4e-35 120.3 Leucine rich repeat
XP_057793326.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 360 382 3.4e-36 116.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793326.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 456 475 3.4e-36 116.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793326.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 586 855 8.7e-42 143.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057793326.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 587 853 6e-45 154.4 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937343.1
AATAAAAATGATGGATTTTGGGATTACTAGTCGTATTTTGATCATCGTCATAGTGTTGATGAGAGCAGCAGAAGCAAGCATGAGCAGAGAAATGCAGGCATTGATGAAATTTGGGTGGCCACGTGATGATATCAACTCCACAACTCATCACTGCAACTGGACTGGCATTACTTGTGATGATGCTGGCCATGTTGCCGAGATGAGCCTCCATGGATGCAATGCTCCACTTTGTTCTTATACCACTACTCTTAATTTAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009944
ATGATGGATTTTGGGATTACTAGTCGTATTTTGATCATCGTCATAGTGTTGATGAGAGCAGCAGAAGCAAGCATGAGCAGAGAAATGCAGGCATTGATGAAATTTGGGTGGCCACGTGATGATATCAACTCCACAACTCATCACTGCAACTGGACTGGCATTACTTGTGATGATGCTGGCCATGTTGCCGAGATGAGCCTCCATGGATGCAATGCTCCACTTTGTTCTTATACCACTACTCTTAATTTAAACTATTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793326.1
MMDFGITSRILIIVIVLMRAAEASMSREMQALMKFGWPRDDINSTTHHCNWTGITCDDAGHVAEMSLHGCNAPLCSYTTTLNLNYFDVFAFTHLTRIHLTSCGLNGTIPQQIGYLSHLTYLNLSHNPLNSELPASLADLTELQVLDISASYGIYGIIPPEIGSLSKLTHLNLSHNYLYTDMPLSLFNLTNLQVLDISNNSAIYDVIPPDIGRLSKLTHLNLSHNRLYSDLPISLSNLTNLQVLDISDSYGIFGVIPPEIG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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