Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004874

染色体: Chr02 坐标: 70817659-70821258 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004874
名称SmilChr02G004874
描述protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70817659 - 70821258 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008871
GeneID131008871
locus_tag-
NCBI NameLOC131008871
原始查询SmilChr02G004874

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4-like
产物protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4-like
ArabidopsisAT1G74780 (AT1G74780)
Nodulin-like / Major Facilitator Superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843817]
identity=53.9; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0639100 (OsMFS8)
-
identity=52.2; qcov=0.957; evalue=1.94e-180; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF06813 (Nodulin-like); PF07690 (MFS_1); PF23262 (NFD4_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008871

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057791951.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057791951.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057791951.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791951.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791951.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70818258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B134,C46,C79
Chr2:70818344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:70818386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C74
Chr2:70818644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:70818693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C61
Chr2:70818938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr2:70818967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C7,C75
Chr2:70819012 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B131
Chr2:70819012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:70819262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C20
Chr2:70820644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C33
Chr2:70820710 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791951.1
560 aa
N
1
280
560
Nodulin-like
NFD4_C
MFS_1
C
PF06813 Nodulin-like 16-264 aa PF23262 NFD4_C 332-538 aa PF07690 MFS_1 343-539 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791951.1 Pfam PF06813 Nodulin-like Domain 16 264 2.1e-68 231.2 Nodulin-like
XP_057791951.1 Pfam PF23262 NFD4_C Domain 332 538 1.9e-23 84.1 NFD4, C-terminal domain
XP_057791951.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 343 539 3.3e-15 56.6 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096359.1
GTAATTTTATAGCGTCACTGTCGTTAAATTTCAGAAGAGAAAAAAGAAAACAAAACTACTGTTACACTAATTGAGGTGAATTATAGTTCTTCCACACTTCGTCACCAAAATTCCGAACACGGTCAAAATTACCCCCAAATTAATCTGTATAATCCACCAATTTCGAAAACAATGGAACCGGACTACAATCCGAGCCGAAAAACTCTGATCAAGAACAAATGGGTGGCGGCGGCGGCCAGCATATGGATCCAGTGCACCGC...
XR_009096360.1
TTTATAGCGTCACTGTCGTTAAATTTCAGAAGAGAAAAAAGAAAACAAAACTACTGTTACACTAATTGAGGTGAATTATAGTTCTTCCACACTTCGTCACCAAAATTCCGAACACGGTCAAAATTACCCCCAAATTAATCTGTATAATCCACCAATTTCGAAAACAATGGAACCGGACTACAATCCGAGCCGAAAAACTCTGATCAAGAACAAATGGGTGGCGGCGGCGGCCAGCATATGGATCCAGTGCACCGCCGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008871
ATGGAACCGGACTACAATCCGAGCCGAAAAACTCTGATCAAGAACAAATGGGTGGCGGCGGCGGCCAGCATATGGATCCAGTGCACCGCCGGCTCGCTCTACACCTTCAGCATCTACTCCCAAGCCCTCAAATCCACCCAGAACTACGACCAATCCACGCTCGACACGATTTCCTGGTTCAAGGACGTCGGGGCCAACGTGGGACTCCTGTCGGGGCTCCTCTACTCCGCCGCTGCCGGCCGCTGCGGACCCTGGGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791951.1
MEPDYNPSRKTLIKNKWVAAAASIWIQCTAGSLYTFSIYSQALKSTQNYDQSTLDTISWFKDVGANVGLLSGLLYSAAAGRCGPWVVLLAGALQCFVGYFMMWLAVTGALPRPPPAVMCLYMMVAAHAMTFFNTANVVTGVHNFPSYSGTIVGIMKGFLGLSGAILILVYQMIFKDKPSAYILLLALLPPINTVLLMGFVRIFRTSEEDEIKHLNAFSSFALILAAYLTTVIIVQNILRLTVSIRALTFSLLIMLLLSPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器