Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004882`

染色体: Chr02 坐标: 70904446-70908088 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004882`
名称	SmilChr02G004882
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 2.11
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	70904446 - 70908088 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008879`
GeneID	`131008879`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008879`
原始查询	`SmilChr02G004882`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 2.11
产物	protein NRT1/ PTR FAMILY 2.11
Arabidopsis	`AT5G62680` (GTR2) Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836389] identity=57.2; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0687000` (OsNPF2.4) - identity=56.4; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00854 (PTR2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008879

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057791964.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791964.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791964.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791964.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791964.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:70904656`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,C56
`Chr2:70904701`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B84,C24,C51
`Chr2:70904845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B46,C14,C72,C85
`Chr2:70904887`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B37
`Chr2:70904911`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C79
`Chr2:70904911`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C79
`Chr2:70904916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr2:70905079`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr2:70905145`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:70905200`	`T`	`TC`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	9	A13,B120,B127,B128,B18,B21,B22,C55,C86
`Chr2:70905229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B94
`Chr2:70905265`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B11,C35,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791964.1

587 aa

294

587

PTR2

PF00854 PTR2 89-526 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791964.1`	Pfam	`PF00854`	PTR2	Family	89	526	8.7e-74	249.5	POT family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935981.1
ATATAAAACACACATCATCTACTGCTGCCAACTATTCTACATCATTTCCACAGTAGATTTAAGAATATCCCAAAAACCGATCGACGACCTCCAATCAAAGAGGAAGCCATGTAAATTTTGAACATATATATCTGACGTGACACAAAATTAAATTAAAATCCCTATATACACAGCCTCACACTTATATATATATGTGCCATCTGAAGTTGCAAAAGAGATCCAAATTTGAGCTTTTCTTACATCAACAATGGAGAAAAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008879
ATGGAGAAAAATGATAAGATTGAGGCCCCTGCAACAAAAAAAGAACCAAACTACAGAGGAGTGAAAGCCATGCCTTTCGTCATAGGTAATGAGACATTTGAGAAGCTTGGAACAATTGGGACATCATCAAATCTTCTAGTATACCTCACCACCGTCTTCAACATGAAGTCCATCACCGCCACCAACGTTATCAACATCTTCAATGGCACCTGCAACTTCGGCACATTGCTCGGCGCCTTCATCTCCGACACCTACCTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791964.1
MEKNDKIEAPATKKEPNYRGVKAMPFVIGNETFEKLGTIGTSSNLLVYLTTVFNMKSITATNVINIFNGTCNFGTLLGAFISDTYLGRYKTLGIASISSFLGMLILTMTATLPGLHPPKCGSGECVGATVGQLAFLFTAFVFLVVGASGIRPCNLAFGADQFNPKTESGKRGINSFFNWYYFTFTFAMMVSLTVIVYVQASISWAVGLAIPAFLMFLSCAVFFVGTRIYVMILPLGSPMTSLIQTLVVAFKKRKLQLPDN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器