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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004890`

染色体: Chr02 坐标: 70954559-70956985 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004890`
名称	SmilChr02G004890
描述	uncharacterized SmilChr02G004890
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	70954559 - 70956985 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008888`
GeneID	`131008888`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008888`
原始查询	`SmilChr02G004890`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os10g0468250; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os10g0468250; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=34.1; qcov=0.866; evalue=4.56e-63; confidence=low
Rice	`Os10g0468250` - identity=40.7; qcov=0.878; evalue=1.33e-81; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008888

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791972.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057791972.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057791972.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791972.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791972.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:70954804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,C14,C29,D2
`Chr2:70954833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B37,B6,C63
`Chr2:70954859`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	28	A6,A8,B10,B106,B110,B132,B18,B19,B25,B34,B37,B50,B52,B60,B63,B73,B83,B86,B9,B99,C10,C26,C28,C35,C6,C75,C86,C87
`Chr2:70954862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,C14,C29,D2
`Chr2:70954899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr2:70954925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B88
`Chr2:70954925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr2:70955005`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B135,C27,C44
`Chr2:70955013`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B38,B39,C13,C76,D3
`Chr2:70955013`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B38,B39,C13,C76,D3
`Chr2:70955016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B21,B52,B82,C5,C55
`Chr2:70955016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B21,B52,B82,C5,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791972.1

403 aa

202

403

DUF8040

DDE_Tnp_1

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 63-149 aa PF01609 DDE_Tnp_1 174-341 aa PF04827 Plant_tran 174-344 aa PF13359 DDE_Tnp_4 181-342 aa

XP_057791973.1

403 aa

202

403

DUF8040

DDE_Tnp_1

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 63-149 aa PF01609 DDE_Tnp_1 174-341 aa PF04827 Plant_tran 174-344 aa PF13359 DDE_Tnp_4 181-342 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791972.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	63	149	2.2e-24	85.9	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057791972.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	174	341	5.4e-08	33.5	Transposase DDE domain
`XP_057791972.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	174	344	1.9e-06	28.4	Plant transposon protein
`XP_057791972.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	181	342	3.5e-24	85.9	DDE superfamily endonuclease
`XP_057791973.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	63	149	2.2e-24	85.9	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057791973.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	174	341	5.4e-08	33.5	Transposase DDE domain
`XP_057791973.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	174	344	1.9e-06	28.4	Plant transposon protein
`XP_057791973.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	181	342	3.5e-24	85.9	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935989.1
TGGTTTCCTTTTAATGTCCATATAGCAATCAGAACCCGTCGATTTTTTGTGTTTGGTTTTCCTTATAATTTTAAGTGATGGCCCGGCCTAAAGTCAAAGCCCGCCCATAAATCACTATTTCCTCTCGCTTCGGGAACCGGCCCAGAGGGTAGGTTAATAATTAAATGCTGCTACAGTTGTAGCAGCTAATTTTTTTCTTCACCTTATTGCCCCTCGCTTATTCCATCAAAAGCTCAAATTCATTCTTTGGCGGTAGCTGA...

XM_057935990.1
TGGTTTCCTTTTAATGTCCATATAGCAATCAGAACCCGTCGATTTTTTGTGTTTGGTTTTCCTTATAATTTTAAGTGATGGCCCGGCCTAAAGTCAAAGCCCGCCCATAAATCACTATTTCCTCTCGCTTCGGGAACCGGCCCAGAGGGTAGGTTAATAATTAAATGCTGCTACAGTTGTAGCAGCTAATTTTTTTCTTCACCTTATTGCCCCTCGCTTATTCCATCAAAAGCTCAAATTCATTCTTTGGCGGTAGCTGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131008888
ATGGCGATGACTAGGCGACAGAGGGCATATACTGTGTTGGTGCTTGAGGAAATAATTCGTGTATTAAATCTTCAGCTTATTATTATAATTGATTTGCTAAACAGGATGAAAACAAAGAAGAGGAAACATATTGAGATTGTTGAGTCGTATTGTATAATTGAACGCATGCCTAGTCAAGCCATACATTTGGACAGGATAATAGGGAGTAGTGATATTGATTGTGTCTCGAACTTGCGAATGGACCGTAACACATTCAGTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057791972.1
MAMTRRQRAYTVLVLEEIIRVLNLQLIIIIDLLNRMKTKKRKHIEIVESYCIIERMPSQAIHLDRIIGSSDIDCVSNLRMDRNTFSRLCQLLRQLGGLRNGRHVTVEEQVAMFVSVLAHHKKNRIIGFDFWRSGQTISRYVHLVLKAILRLHVILLVTPEPIPDVSVDHRWKWFKGCLGALDGTYINVMVPNADKPRYRTRKGQISTNTLAACDRNLKFTYVLPGWEGSAADSRILRDAVNRVHGLKVPKGNYYLVDNGY...

XP_057791973.1
MAMTRRQRAYTVLVLEEIIRVLNLQLIIIIDLLNRMKTKKRKHIEIVESYCIIERMPSQAIHLDRIIGSSDIDCVSNLRMDRNTFSRLCQLLRQLGGLRNGRHVTVEEQVAMFVSVLAHHKKNRIIGFDFWRSGQTISRYVHLVLKAILRLHVILLVTPEPIPDVSVDHRWKWFKGCLGALDGTYINVMVPNADKPRYRTRKGQISTNTLAACDRNLKFTYVLPGWEGSAADSRILRDAVNRVHGLKVPKGNYYLVDNGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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