当前解析结果
SmilChr02G004894| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004894 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004894 |
| 描述 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 70965750 - 70969187 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008892 |
|---|---|
| GeneID | 131008892 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008892 |
| 原始查询 | SmilChr02G004894 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 2 |
| 产物 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 2 |
| Arabidopsis | AT2G02760 (UBC2)ubiquiting-conjugating enzyme 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814805] identity=96; qcov=1; evalue=8.3e-110; confidence=high |
| Rice | Os07g0166800 (OsUBC7)- identity=96.7; qcov=1; evalue=3.16e-110; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00179 (UQ_con) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008892 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791977.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057791977.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057791977.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057791977.1 |
| 5 | Nuclear body | 核内小体 | 0.20000 | XP_057791977.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:70967444 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 103 | A11,A14,A16,A2,A21,A4,A6,A9,B10,B101,B102,B103,B106,B11,B110,B111,B112,B114,B119,B12,B120,B121,B122,B124,B127,B131,B133,B134,B14,B20,B23,B25,B26,B28,B3,B30,B31,B38,B39,B48,B49,B55,B58,B59,B64,B66,B67,B68,B7,B73,B75,B78,B8,B81,B83,B84,B87,B88,B89,B9,B93,B97,B98,B99,C11,C13,C15,C16,C19,C2,C20,C30,C33,C37,C4,C40,C42,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C59,C61,C62,C64,C66,C67,C69,C72,C76,C77,C79,C80,C84,C86,C87,D1,D2,D5,D7,D8 |
Chr2:70968804 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B84,C21,C28 |
Chr2:70968888 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B32,C39,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791977.1PF00179
UQ_con 8-144 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791977.1 |
Pfam | PF00179 |
UQ_con | Domain | 8 | 144 | 1e-53 | 181.4 | Ubiquitin-conjugating enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。