当前解析结果
SmilChr02G004897| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004897 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004897 |
| 描述 | transcription factor PRE3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 70984733 - 70986063 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008894 |
|---|---|
| GeneID | 131008894 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008894 |
| 原始查询 | SmilChr02G004897 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor PRE3-like |
| 产物 | transcription factor PRE3-like |
| Arabidopsis | AT3G47710 (BNQ3)BANQUO 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823925] identity=71.7; qcov=1.01; evalue=3.74e-40; confidence=medium |
| Rice | Os10g0404300 (ILI7)- identity=68.8; qcov=0.846; evalue=2.05e-30; confidence=medium |
| GO | GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0040008 (regulation of growth); GO:0046983 (protein dimerization activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00010 (HLH); PF23174 (bHLH_ILI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008894 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791979.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057791979.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791979.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791979.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791979.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791979.1PF23174
bHLH_ILI 17-89 aa
PF00010
HLH 19-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791979.1 |
Pfam | PF23174 |
bHLH_ILI | Domain | 17 | 89 | 1.8e-33 | 115.4 | ILI bHLH domain |
XP_057791979.1 |
Pfam | PF00010 |
HLH | Domain | 19 | 60 | 2.1e-05 | 25.0 | Helix-loop-helix DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。