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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004900

染色体: Chr02 坐标: 71012673-71016859 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004900
名称SmilChr02G004900
描述microtubule-associated protein RP/EB family member 1B-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71012673 - 71016859 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008898
GeneID131008898
locus_tag-
NCBI NameLOC131008898
原始查询SmilChr02G004900

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述microtubule-associated protein RP/EB family member 1B-like
产物microtubule-associated protein RP/EB family member 1B-like
ArabidopsisAT5G62500 (EB1B)
end binding protein 1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836370]
identity=64.4; qcov=0.969; evalue=1.12e-101; confidence=high
RiceOs04g0642100
-
identity=63.4; qcov=0.943; evalue=1.55e-97; confidence=high
GOGO:0005815 (microtubule organizing center); GO:0005881 (cytoplasmic microtubule); GO:0009652 (thigmotropism); GO:0031110 (regulation of microtubule polymerization or depolymerization); GO:0035371 (microtubule plus-end); GO:0051010 (microtubule plus-end binding); GO:0051225 (spindle assembly); GO:0051233 (spindle midzone); GO:1904825 (protein localization to microtubule plus-end)
KEGG-
PfamPF00307 (CH); PF03271 (EB1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008898

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057791983.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791985.1
3 Spindle pole Spindle pole 0.20000 XP_057791984.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791983.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791983.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71014933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr2:71014955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:71014982 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B84,C49,C81
Chr2:71015771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:71015864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,C82
Chr2:71016009 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr2:71016251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,C39,C58,C83
Chr2:71016277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:71016340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791983.1
298 aa
N
1
149
298
CH
EB1
C
PF00307 CH 16-113 aa PF03271 EB1 230-268 aa
XP_057791984.1
274 aa
N
1
137
274
CH
EB1
C
PF00307 CH 16-113 aa PF03271 EB1 206-244 aa
XP_057791985.1
229 aa
N
1
114
229
EB1
C
PF03271 EB1 161-199 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791983.1 Pfam PF00307 CH Domain 16 113 4.4e-08 34.0 Calponin homology (CH) domain
XP_057791983.1 Pfam PF03271 EB1 Family 230 268 2e-16 60.7 EB1-like C-terminal motif
XP_057791984.1 Pfam PF00307 CH Domain 16 113 3.8e-08 34.2 Calponin homology (CH) domain
XP_057791984.1 Pfam PF03271 EB1 Family 206 244 1.7e-16 61.0 EB1-like C-terminal motif
XP_057791985.1 Pfam PF03271 EB1 Family 161 199 1.2e-16 61.5 EB1-like C-terminal motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936001.1
GCTGAACCCTAATTAGTACTATCAAACCGCAAATCCAAATAATATCTGCAATTTCTGTCCGTTCCATTCCACATTCATGAAGTCGCCGTTTAATTTGAACTAAAATTTCCAACAAACATATCTTTTTAAATTTGAACTAAAAATAGCAACAAATCACATTTTCTTTAAATTGAACCAAAAATACCAACAAACTCACGTTTTTTTTTTTTTTTGAATTATGAACCAACAATTTCTTCCTTAAGCATACTTTCTTAATTTGA...
XM_057936000.1
CCCTAATTAGTACTATCAAACCGCAAATCCAAATAATATCTGCAATTTCTGTCCGTTCCATTCCACATTCATGAAGTCGCCGTTTAATTTGAACTAAAATTTCCAACAAACATATCTTTTTAAATTTGAACTAAAAATAGCAACAAATCACATTTTCTTTAAATTGAACCAAAAATACCAACAAACTCACGTTTTTTTTTTTTTTTGAATTATGAACCAACAATTTCTTCCTTAAGCATACTTTCTTAATTTGAATTAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131008898
ATGGCAGCAAATATAGGGATTATGGATAGTGCATACTTCGTGGGGAGAAATGAGATTCTAGGCTGGATCAACGACAGGCTTCAGCTCAATCTCTCTCGAATTGAAGAGGCTGCATCTGGGGCTGTGCAATGTCAGATGATGGACATGACTCACCCAGGAGTCGTTCCAATGCACAAGGTGAACTTTGATGGTAAGACTGAATATGATTTCATCCAAAATTACAAAGTGCTTCAGGATGTTTTTAACAAACTCAAAATCGA...
LOC131008898
ATGGCAGCAAATATAGGGATTATGGATAGTGCATACTTCGTGGGGAGAAATGAGATTCTAGGCTGGATCAACGACAGGCTTCAGCTCAATCTCTCTCGAATTGAAGAGGCTGCATCTGGGGCTGTGCAATGTCAGATGATGGACATGACTCACCCAGGAGTCGTTCCAATGCACAAGGTGAACTTTGATGGTAAGACTGAATATGATTTCATCCAAAATTACAAAGTGCTTCAGGATGTTTTTAACAAACTCAAAATCGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057791983.1
MAANIGIMDSAYFVGRNEILGWINDRLQLNLSRIEEAASGAVQCQMMDMTHPGVVPMHKVNFDGKTEYDFIQNYKVLQDVFNKLKIDKHIEVNRLVKARPLDNLEFLQWLKRYCDSVNGGLMNENYNPVERRTKGGNRSIRGPQKNSKSLQTNNSVNSGSCDEEPVVLRRSTSNTSILLSHFLYNLSSHVNKSPSSGTGAKNMKSGANTSSDFQSLTKEITDLKVSVDLLEKERDFYFAKLRDVEVLCQTPELENLPMAV...
XP_057791984.1
MAANIGIMDSAYFVGRNEILGWINDRLQLNLSRIEEAASGAVQCQMMDMTHPGVVPMHKVNFDGKTEYDFIQNYKVLQDVFNKLKIDKHIEVNRLVKARPLDNLEFLQWLKRYCDSVNGGLMNENYNPVERRTKGGNRSIRGPQKNSKSLQTNNSVNSGSCDEEPVVLRRSTSTGAKNMKSGANTSSDFQSLTKEITDLKVSVDLLEKERDFYFAKLRDVEVLCQTPELENLPMAVAIKKILYAADENEDALAEAQEIVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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