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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004904

染色体: Chr02 坐标: 71029725-71030812 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004904
名称SmilChr02G004904
描述3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FERN, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71029725 - 71030812 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008903
GeneID131008903
locus_tag-
NCBI NameLOC131008903
原始查询SmilChr02G004904

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FERN, mitochondrial-like
产物3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FERN%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G60335 (AT5G60335)
hydroxyacyl-thioester dehydratase type-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723110]
identity=45.8; qcov=0.901; evalue=7.22e-35; confidence=medium
RiceOs05g0185700 (OJ1111_A10.13)
-
identity=45.6; qcov=0.786; evalue=9.36e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF01575 (MaoC_dehydratas); PF13452 (FAS1_DH_region)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008903

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057791991.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057791992.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057791991.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791993.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791993.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71030000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:71030044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr2:71030047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr2:71030078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:71030088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr2:71030093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:71030112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:71030136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,C11,C53,C55,C69
Chr2:71030139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:71030146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr2:71030152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B133,B98,C48
Chr2:71030169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A3,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791991.1
161 aa
N
1
80
161
MaoC_dehydratas
FAS1_DH_region
C
PF01575 MaoC_dehydratas 36-125 aa PF13452 FAS1_DH_region 39-138 aa
XP_057791992.1
153 aa
N
1
76
153
MaoC_dehydratas
C
PF01575 MaoC_dehydratas 36-117 aa
XP_057791993.1
139 aa
N
1
70
139
MaoC_dehydratas
FAS1_DH_region
C
PF01575 MaoC_dehydratas 36-124 aa PF13452 FAS1_DH_region 39-122 aa
XP_057791994.1
131 aa
N
1
66
131
MaoC_dehydratas
C
PF01575 MaoC_dehydratas 36-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791991.1 Pfam PF01575 MaoC_dehydratas Domain 36 125 1.8e-15 57.3 MaoC like domain
XP_057791991.1 Pfam PF13452 FAS1_DH_region Domain 39 138 1.3e-05 26.0 FAS1-like, dehydratase domain region
XP_057791992.1 Pfam PF01575 MaoC_dehydratas Domain 36 117 2.1e-11 44.2 MaoC like domain
XP_057791993.1 Pfam PF01575 MaoC_dehydratas Domain 36 124 1.9e-15 57.3 MaoC like domain
XP_057791993.1 Pfam PF13452 FAS1_DH_region Domain 39 122 3.7e-05 24.6 FAS1-like, dehydratase domain region
XP_057791994.1 Pfam PF01575 MaoC_dehydratas Domain 36 116 1.8e-11 44.4 MaoC like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936008.1
AATAGTTAAAACTTGTAGTATATTTTTAAACTTACCCCTATTTATATATTGACAAAGCAAAATAGCTAAAGTTTCACTAAACCCAAATTCTTTGCAATCCCAATCGAAACCCATTTACTTATTTCACTATAAATGAATGCACCCGTGTATTTTGAATCAGAGTTCAGTGGTCAGTGCACTCCAACTGTTCGATAAAATTCCCGATAGATTTCTTCATTTGAAAACTTAGCAAATCTTTCAACTGCAACCAGCGATGAGGC...
XM_057936011.1
TTTAAACTTACCCCTATTTATATATTGACAAAGCAAAATAGCTAAAGTTTCACTAAACCCAAATTCTTTGCAATCCCAATCGAAACCCATTTACTTATTTCACTATAAATGAATGCACCCGTGTATTTTGAATCAGAGTTCAGTGGTCAGTGCACTCCAACTGTTCGATAAAATTCCCGATAGATTTCTTCATTTGAAAACTTAGCAAATCTTTCAACTGCAACCAGCGATGAGGCGATTGTTCTTCAACTCTGTTTCTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131008903
ATGAGGCGATTGTTCTTCAACTCTGTTTCTTCATTCAAGTATTACTCTTCATCAGCATCATCAAACGTGCTTAAACCCGGCGACATTTTGAAGCAATCCAGAGTATTTTCCATATCCGAAGTCGCGGATTACTCGAAGCTAACACACGATCATAATCCGCTGCACTTCGATTTGGAATGCGCCAGAAACGCCGGATTCACGGACACTCCTATCCCGGGATTGCTCGTTGCTTCCTTGTTTCCTAGGATAATTGCTTCCCA...
LOC131008903
ATGAGGCGATTGTTCTTCAACTCTGTTTCTTCATTCAAGTATTACTCTTCATCAGCATCATCAAACGTGCTTAAACCCGGCGACATTTTGAAGCAATCCAGAGTATTTTCCATATCCGAAGTCGCGGATTACTCGAAGCTAACACACGATCATAATCCGCTGCACTTCGATTTGGAATGCGCCAGAAACGCCGGATTCACGGACACTCCTATCCCGGGATTGCTCGTTGCTTCCTTGTTTCCTAGGATAATTGCTTCCCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057791991.1
MRRLFFNSVSSFKYYSSSASSNVLKPGDILKQSRVFSISEVADYSKLTHDHNPLHFDLECARNAGFTDTPIPGLLVASLFPRIIASHFPGAIYVKQTLEFRAPVFVGDDVVGEVQASNIRQLKDKFMVKFATSCVKDGGAVVIGGEATAILPTLAVNHRCL
XP_057791992.1
MRRLFFNSVSSFKYYSSSASSNVLKPGDILKQSRVFSISEVADYSKLTHDHNPLHFDLECARNAGFTDTPIPGLLVASLFPRIIASHFTLEFRAPVFVGDDVVGEVQASNIRQLKDKFMVKFATSCVKDGGAVVIGGEATAILPTLAVNHRCL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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