Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004906

染色体: Chr02 坐标: 71045183-71049431 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004906
名称SmilChr02G004906
描述uncharacterized SmilChr02G004906
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71045183 - 71049431 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008904
GeneID131008904
locus_tag-
NCBI NameLOC131008904
原始查询SmilChr02G004906

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843794]; symbol=AT1G74530; hit=AT1G74530; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843794]; symbol=AT1G74530; hit=AT1G74530; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G74530 (AT1G74530)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843794]
identity=60.1; qcov=0.944; evalue=5.25e-120; confidence=high
RiceOs08g0171000
-
identity=58; qcov=0.854; evalue=5.12e-115; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008904

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057791995.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.20000 XP_057791995.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057791995.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791995.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791995.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71045421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B28,B53,B73,B88
Chr2:71045739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C77
Chr2:71046041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:71046663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B78
Chr2:71046760 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 13 A11,B131,B16,B37,B40,B56,B65,B82,B94,B96,C20,C64,C66
Chr2:71046761 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 13 A11,B131,B16,B37,B40,B56,B65,B82,B94,B96,C20,C64,C66
Chr2:71047060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C35
Chr2:71047874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:71047876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:71047907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr2:71047919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B61,C27
Chr2:71048018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096363.1
TCTAAAGGATGGAACTCTGGCGCCCATGCTTAAGGTCGCGGATCCTCCGGTCCGAGCAAATGTATTGCATTTAAGTACCGAGTTCTCCGTTCCAATCTCGGAGGCCGTAAAGAACATTCTTTTGCCATACTTCGGAGAAGAACTCGAGTATGTACCACTTTAGCATGTTCCATGCTTCACATCACATAGCTCCTGTCCCTGCCTCAGAACGGAGGTACTGATATTTTTGGTCCTCATCTGTAGATTCTCCTCCTTTCTTC...
XR_009096364.1
GGAGGCCGTAAAGAACATTCTTTTGCCATACTTCGGAGAAGCAATCTGGTTTCAGAACTCGAGTATGTACCACTTTAGCATGTTCCATGCTTCACATCACATAGCTCCTGTCCCTGCCTCAGAACGGAGGTACTGATATTTTTGGTCCTCATCTGTAGATTCTCCTCCTTTCTTCTCATGTTATGTTTCATTGCTTGCACTAACATCTCGATTTCCAGATCGAAGCTGAAGCCCGTGCTGTAAAAGATGTTTCAAAGTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008904
ATGGGTAGAGGGATAATGAAGAATTGGTGGAGTCGGTCAGTGAAGATCGCAGCACTCTGGTCAATCTGCGCCCTTACATTCTTCTGTTTATTCCAGATGGCTCTACGCAATTCTTCTTCAGCTCAACGGGTTGCTGATTCTAGTCGCCCCACAATCTCAACGGGTTCTTCTATTGCAAATGCTGAGCAACGATCAATACTATATACACAATTGGCAAAAGAGCTGGACGAGAAAGGAGCAGTTTTTCTCAAACAAGGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791995.1
MGRGIMKNWWSRSVKIAALWSICALTFFCLFQMALRNSSSAQRVADSSRPTISTGSSIANAEQRSILYTQLAKELDEKGAVFLKQGQTSQSLSLSDLFILKDGTLAPMLKVADPPVRANVLHLSTEFSVPISEAVKNILLPYFGEAIWFQNSSMYHFSMFHASHHIAPVPASELQIEAEARAVKDVSKSICPMNIFLDRVVLTSTGVLLGCWQVVSGADPVTIRAKLKSALPHAPQKQLYNEAMLHTSFCKTPWPPLSLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器