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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004908

染色体: Chr02 坐标: 71095565-71098479 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004908
名称SmilChr02G004908
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14170
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71095565 - 71098479 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008916
GeneID131008916
locus_tag-
NCBI NameLOC131008916
原始查询SmilChr02G004908

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14170
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14170
ArabidopsisAT1G18485 (AT1G18485)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838429]
identity=36.6; qcov=0.838; evalue=2.58e-150; confidence=medium
RiceOs03g0781100
-
identity=37; qcov=0.818; evalue=1.21e-153; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008916

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792016.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792016.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792016.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792016.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792016.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71095736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:71095853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr2:71095864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:71095922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:71095926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr2:71095998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,C56,C59,C65
Chr2:71096075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B41
Chr2:71096076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr2:71096128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:71096184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C2
Chr2:71096267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B20
Chr2:71096281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B109,C31,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792016.1
813 aa
N
1
406
813
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 181-206 aa PF01535 PPR 209-234 aa PF01535 PPR 283-309 aa PF01535 PPR 311-336 aa PF01535 PPR 384-411 aa PF13041 PPR_2 409-456 aa PF01535 PPR 412-441 aa PF13041 PPR_2 510-558 aa PF01535 PPR 512-541 aa PF01535 PPR 585-607 aa PF13041 PPR_2 611-658 aa PF01535 PPR 614-643 aa PF17177 PPR_long 629-774 aa PF13812 PPR_3 633-694 aa PF01535 PPR 648-678 aa PF12854 PPR_1 676-708 aa PF01535 PPR 684-709 aa PF20431 E_motif 727-789 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 181 206 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 209 234 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 283 309 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 311 336 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 384 411 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 409 456 6.1e-66 219.1 PPR repeat family
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 412 441 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 510 558 6.1e-66 219.1 PPR repeat family
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 512 541 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 585 607 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 611 658 6.1e-66 219.1 PPR repeat family
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 614 643 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 629 774 1.3e-12 48.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057792016.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 633 694 1.6e-17 64.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 648 678 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 676 708 3.8e-32 110.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 684 709 4.2e-66 215.4 PPR repeat
XP_057792016.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 727 789 5.8e-20 72.0 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936033.1
ATTGTTAGAATCCAAAAAAAGAAAAACGATGCAGAAGAAGGAGAAGAAATAGGTTGAAATATTACGTAAACTGCTACAACAGCGAAGAGTGAAGAAGAAGAAGATGCTATGTTCCAGCATGCTCATTTTCTCCGTATAACTTCTTCCACCCGTATCCAAATCCACCTACGCCGCCTCTCTCTCCTCTCCACCGCCGCCGCGCCTCCCCCTCCTCACACCCCCGACATCCTGCCCCTCTGCGCCGCCGCTCAATCTCTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008916
ATGTTCCAGCATGCTCATTTTCTCCGTATAACTTCTTCCACCCGTATCCAAATCCACCTACGCCGCCTCTCTCTCCTCTCCACCGCCGCCGCGCCTCCCCCTCCTCACACCCCCGACATCCTGCCCCTCTGCGCCGCCGCTCAATCTCTCCCCGCCACCCAGCGAGTCCACGCCCTCGCCGTCGTCCACGGCCTCCTCCCCTCCAGCGTCTCCATCGCCGCCGCCCTCATCCTCTCCTACGCCACCCACGGCACCCACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792016.1
MFQHAHFLRITSSTRIQIHLRRLSLLSTAAAPPPPHTPDILPLCAAAQSLPATQRVHALAVVHGLLPSSVSIAAALILSYATHGTHLSTLRSLFAHTLSFSSSPFLHNTLIRACTILSAPAVDLGFSIYNDLLTATPFTPDDYTFPFALKLCADSQHVSKGLEVHGRLIKAGLDGDVFVSNTLILFYGSYGDFRCADKVFDEMPVRDLISWNTVIRVCSDNNCFLKSVSLLRDMFLKSDFLPNVITIVSVLPACAVLENN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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