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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004919

染色体: Chr02 坐标: 71228463-71231062 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004919
名称SmilChr02G004919
描述probable arabinosyltransferase ARAD1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71228463 - 71231062 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008949
GeneID131008949
locus_tag-
NCBI NameLOC131008949
原始查询SmilChr02G004919

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable arabinosyltransferase ARAD1
产物probable arabinosyltransferase ARAD1
ArabidopsisAT1G74680 (AT1G74680)
Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843807]
identity=56.9; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0438600
-
identity=63.7; qcov=0.786; evalue=2.23e-177; confidence=high
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057792075.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057792075.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792075.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792075.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792075.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71229435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr2:71229501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B35
Chr2:71230113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:71230486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:71230730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:71230731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:71230852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792075.1
491 aa
N
1
246
491
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 112-425 aa
XP_057792076.1
491 aa
N
1
246
491
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 112-425 aa
XP_057792077.1
491 aa
N
1
246
491
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 112-425 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792075.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 112 425 1.1e-60 206.2 Exostosin GT47 domain
XP_057792076.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 112 425 1.1e-60 206.2 Exostosin GT47 domain
XP_057792077.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 112 425 1.1e-60 206.2 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936094.1
GGGAGAAAGTGATTCGTTGCATTAACAAATAAAGATAATGCCATTGGCCGAAATCCGTTCAACGTATTCAACATGTGTCAGTGTCACAATCACAAGCCAAATCCAGGAAAATGATAATTGTACAACACAGCTACACAATCTTTATTTTCATTTTTCTTGAAACCCTGCACACTCTTTTTTGAATAAGTATTATTGTTGTAAAATTTGAATTAAGTGAATAGAAAAGGATGGCATTTCTTTTGTAGGAATTTAGTGGGAAT...
XM_057936093.1
GGGAGAAAGTGATTCGTTGCATTAACAAATAAAGATAATGCCATTGGCCGAAATCCGTTCAACGTATTCAACATGTGTCAGTGTCACAATCACAAGCCAAATCCAGGAAAATGATAATTGTACAACACAGCTACACAATCTTTATTTTCATTTTTCTTGAAACCCTGCACACTCTTTTTTGAATAAGTATTATTGTTGTAAAATTTGAATTAAGTGAATAGAAAAGGATGGCATTTCTTTTGTAGGAATTTAGTGGGAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131008949
ATGTCTTCATCAGTTTGTGAAAAGAGGATTCTGCCATCAAGGCACCTTTTTTGCCTCATAGCAATAGCAGTGTTTCTATTGATTTCCTCTTCACTGTCGCTTATTGAGTTCCGTGACAATCCTTCGTCGCCTAGCTCGGTTTTTCAGTTTATAAGTTTGAGCAATGCATCAGCTGGCTCGAATTCAAGTAGAAAAGGCGATAAACAGGGGAGTCGTGTTCTTGATATTCGTAGGCCGGAGGATAGGAAGAATGTAGTTAG...
LOC131008949
ATGTCTTCATCAGTTTGTGAAAAGAGGATTCTGCCATCAAGGCACCTTTTTTGCCTCATAGCAATAGCAGTGTTTCTATTGATTTCCTCTTCACTGTCGCTTATTGAGTTCCGTGACAATCCTTCGTCGCCTAGCTCGGTTTTTCAGTTTATAAGTTTGAGCAATGCATCAGCTGGCTCGAATTCAAGTAGAAAAGGCGATAAACAGGGGAGTCGTGTTCTTGATATTCGTAGGCCGGAGGATAGGAAGAATGTAGTTAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057792075.1
MSSSVCEKRILPSRHLFCLIAIAVFLLISSSLSLIEFRDNPSSPSSVFQFISLSNASAGSNSSRKGDKQGSRVLDIRRPEDRKNVVSEIDSQGSEPKKVEEESSSCDKGRALLRVYMYDLPLEFHFGLLGWRGTGNQIWPSVDEQSRIPSYPGGLNLQHSAEYWLTLDLLASSTASVIRPCSAIRVNDSREADVVFVPFFSSLSYNRHSKHQGKQSVSLDRLLQERLVGFLKGQREWRRSGGKNHLIVAHHPNSMLVARE...
XP_057792076.1
MSSSVCEKRILPSRHLFCLIAIAVFLLISSSLSLIEFRDNPSSPSSVFQFISLSNASAGSNSSRKGDKQGSRVLDIRRPEDRKNVVSEIDSQGSEPKKVEEESSSCDKGRALLRVYMYDLPLEFHFGLLGWRGTGNQIWPSVDEQSRIPSYPGGLNLQHSAEYWLTLDLLASSTASVIRPCSAIRVNDSREADVVFVPFFSSLSYNRHSKHQGKQSVSLDRLLQERLVGFLKGQREWRRSGGKNHLIVAHHPNSMLVARE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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