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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004945

染色体: Chr02 坐标: 71402917-71408223 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004945
名称SmilChr02G004945
描述probable carboxylesterase 9
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71402917 - 71408223 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009009
GeneID131009009
locus_tag-
NCBI NameLOC131009009
原始查询SmilChr02G004945

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carboxylesterase 9
产物probable carboxylesterase 9
ArabidopsisAT2G45610 (AT2G45610)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819169]
identity=51.1; qcov=1; evalue=3.4e-112; confidence=high
RiceOs08g0547800
-
identity=42; qcov=0.994; evalue=3.15e-76; confidence=medium
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009009

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792176.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792176.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792176.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792176.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792176.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71403109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr2:71403133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr2:71403174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr2:71403281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr2:71403367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:71404256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:71404263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr2:71404290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr2:71404437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:71404537 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A2
Chr2:71404537 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792176.1
314 aa
N
1
157
314
BD-FAE
Abhydrolase_3
C
PF20434 BD-FAE 69-182 aa PF07859 Abhydrolase_3 76-295 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792176.1 Pfam PF20434 BD-FAE Domain 69 182 7.4e-10 39.4 BD-FAE
XP_057792176.1 Pfam PF07859 Abhydrolase_3 Domain 76 295 3.3e-44 151.9 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936193.1
GGCTCTGAGCTTCACATAGATTTTGTGCTGAAGCAAGGGCCCAAAATGTTTGTTCAATTCGAGCATTTCCTTTTTCCACTATCGCCCTGCAATTAATTAAAAAAAGAAAGAATGAGATATTGTTATTATTATTCTGTTTTGTTACTATTTAGTACTCCCTCTATTTATAAAATAGTCACTTTTTATAATTTTGGGACATTCATAAAAATTAGTCAATTTCTGTTTATGAAAACTTTTTATTACATGGTGGCGCTTGTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009009
ATGTCCAAACTGGATCCGTACCAACACCTAAAAATCTCCCTCAACCCCGACGGCTCAGTGACCCGCCTTCCGACGGCCGCCGCCACCGGCGAAACCCCCCTCCTCTCCGGCCACGCCGTCCTGAGCAAAGACGTAACCCTCGACGCCGCCAAGAAAACGTGGCTGCGGATCTACCTCCCCGCCAGACTCCCCTCCAACGACACAACCGTCGCCCGCCTCCCCATCATCTTCTTCTTCCACGGCGGCGGATGGATCCGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792176.1
MSKLDPYQHLKISLNPDGSVTRLPTAAATGETPLLSGHAVLSKDVTLDAAKKTWLRIYLPARLPSNDTTVARLPIIFFFHGGGWIRTCIADAATHDNCNRISAEVPAVLVAVELRLAPENRLPAQYEDAADAVVWVRDQAADSAAGDHWIRDYADLSRCYLYGVSCGANVAYNAALLLQDMKLHPLKIAGTILNQPFFGAKKRTKSELELAADDNLPLPVQDLLWELALPVGTDRDHRFSNPFVVKEKVNKIGRCLVIGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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