当前解析结果
SmilChr02G004949| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004949 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004949 |
| 描述 | calcium-dependent lipid-binding protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 71429678 - 71437175 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008948 |
|---|---|
| GeneID | 131008948 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008948 |
| 原始查询 | SmilChr02G004949 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | calcium-dependent lipid-binding protein-like |
| 产物 | calcium-dependent lipid-binding protein-like |
| Arabidopsis | AT3G61050 (NTMC2T4)Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825277] identity=71.2; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0409100 (OsNTMC2T4.1)- identity=66.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0008289 (lipid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00168 (C2); PF17047 (SMP_LBD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008948 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057792074.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792074.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792074.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792074.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792074.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:71429928 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,B12 |
Chr2:71430342 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C77 |
Chr2:71433619 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:71434337 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,B101 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792074.1PF17047
SMP_LBD 68-248 aa
PF00168
C2 264-359 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792074.1 |
Pfam | PF17047 |
SMP_LBD | Domain | 68 | 248 | 6.3e-16 | 59.1 | Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain |
XP_057792074.1 |
Pfam | PF00168 |
C2 | Domain | 264 | 359 | 5.7e-24 | 85.0 | C2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。