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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004960`

染色体: Chr02 坐标: 71535911-71539559 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004960`
名称	SmilChr02G004960
描述	prolycopene isomerase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	71535911 - 71539559 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008937`
GeneID	`131008937`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008937`
原始查询	`SmilChr02G004960`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	prolycopene isomerase, chloroplastic
产物	prolycopene isomerase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G57770` (AT1G57770) FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842152] identity=82.2; qcov=0.924; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0841900` - identity=75.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016116 (carotenoid metabolic process); GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00890 (FAD_binding_2); PF01593 (Amino_oxidase); PF13450 (NAD_binding_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008937

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057792040.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057792040.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.40000	`XP_057792040.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057792040.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792040.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:71536071`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B29,C37,C52
`Chr2:71536147`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:71536962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr2:71537616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,C71,D8
`Chr2:71537946`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B46,C1,C80,C85
`Chr2:71537952`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr2:71537976`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B64
`Chr2:71537989`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr2:71538435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C71
`Chr2:71538619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr2:71538895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B29,C37,C52
`Chr2:71538912`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B133,B25,B53,B88,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792040.1

577 aa

288

577

FAD_binding_2

NAD_binding_8

Amino_oxidase

PF00890 FAD_binding_2 57-95 aa PF13450 NAD_binding_8 60-115 aa PF01593 Amino_oxidase 65-560 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792040.1`	Pfam	`PF00890`	FAD_binding_2	Domain	57	95	4e-08	33.6	FAD binding domain
`XP_057792040.1`	Pfam	`PF13450`	NAD_binding_8	Domain	60	115	3.1e-15	56.9	NAD(P)-binding Rossmann-like domain
`XP_057792040.1`	Pfam	`PF01593`	Amino_oxidase	Domain	65	560	7.8e-19	69.0	Flavin containing amine oxidoreductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936057.1
AAGTGAAGCCAAATTTTGCATTTGTTAGAATTGTGCAAGTCGAGCACCACATATAGCGCTGACGTTCAAGCAAGCACCACGTCCTCATTCATTCCTCGAGAACTGCTTTCGCTTTTACACACACACACACACACACACTTGAACTCGTCCATGGCGTTGGGAGTGACTGCTATTATTGCTGCTACAGCTCCTCTCAGGCCTTCTGCTTTCACGTGTAGTTCCAAATGCAGCACAAGCAGAACCAGAAGCAGAATTTCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008937
ATGGCGTTGGGAGTGACTGCTATTATTGCTGCTACAGCTCCTCTCAGGCCTTCTGCTTTCACGTGTAGTTCCAAATGCAGCACAAGCAGAACCAGAAGCAGAATTTCTGCCAGCAATGGCTCTTCCACTCCAACTCTTACGCAAACCTTCCCAGGCAAACCAGAGGCAGATGTCGTAGTTATAGGAAGTGGCATTGGTGGACTGTGCTGTGGTGCGCTCTTAGCAAGATATAATCAAGATGTTTTGGTATTGGAAAGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792040.1
MALGVTAIIAATAPLRPSAFTCSSKCSTSRTRSRISASNGSSTPTLTQTFPGKPEADVVVIGSGIGGLCCGALLARYNQDVLVLESHDLPGGAAHSFTIKDYNFDSGPSLFSGFQSRGPQANPLAQVLDALGESPPCVTYDSWKVYIPEGEFLSRIGPTEFFKDLQTYGGPNAVQEWRILLDAILPLSAAAMALPPLSLRGDLGVLSTAGARYAPSLFKSFLQMGPQGALGATKLLRPFVEILDSLELKDPFVRNWVDLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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