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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004979

染色体: Chr02 坐标: 71667433-71676247 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004979
名称SmilChr02G004979
描述shaggy-related protein kinase NtK-1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71667433 - 71676247 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008967
GeneID131008967
locus_tag-
NCBI NameLOC131008967
原始查询SmilChr02G004979

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述shaggy-related protein kinase NtK-1
产物shaggy-related protein kinase NtK-1
ArabidopsisAT5G26751 (SK 11)
shaggy-related kinase 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832733]
identity=89.9; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0252100 (OsSKgamma)
-
identity=85.6; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008967

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792104.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792104.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057792104.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057792104.1
5 Cell projection 细胞突起 0.20000 XP_057792104.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71671195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B15
Chr2:71672414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr2:71672429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr2:71672484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:71672490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792104.1
400 aa
N
1
200
400
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 72-355 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 74-273 aa
XP_057792105.1
400 aa
N
1
200
400
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 72-355 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 74-273 aa
XP_057792106.1
400 aa
N
1
200
400
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 72-355 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 74-273 aa
XP_057792107.1
400 aa
N
1
200
400
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 72-355 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 74-273 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792104.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 72 355 1.3e-61 209.1 Protein kinase domain
XP_057792104.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 74 273 8.6e-24 84.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057792105.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 72 355 1.3e-61 209.1 Protein kinase domain
XP_057792105.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 74 273 8.6e-24 84.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057792106.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 72 355 1.3e-61 209.1 Protein kinase domain
XP_057792106.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 74 273 8.6e-24 84.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057792107.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 72 355 1.3e-61 209.1 Protein kinase domain
XP_057792107.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 74 273 8.6e-24 84.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936121.1
AGAAAAAGAAATGAAAGCATATGAAATATTTCTGTATCTATCTATCCATTGTATACTGTTTACTATATTTCCCTCTGTTTTCTCTCTCTCTAAATTGGTGCGCATTTCTCTTGTTTTTCTATGGGTGGTAGTGTCAGGTGATTCAGCCACAAAAATCATCATCGAAGTCAGTCACCGATGATAATCGGTGAGTGACTTGCTGAGGTTATCTAATCTGCTAATTCTTTTGGCAAATGGCTACTATGGCACCTACTTCTGAC...
XM_057936122.1
TGTATACTGTTTACTATATTTCCCTCTGTTTTCTCTCTCTCTAAATTGGTGCGCATTTCTCTTGTTTTTCTATGGGTGGTAGTGTCAGGTGATTCAGCCACAAAAATCATCATCGAAGTCAGTCACCGATGATAATCGTAGCTCTGGATCAAGAGAGCTTAAACAGAAAGTGTGGTGATAAAATGTATTATTTTTTAGTTGTGAGGTGAGTGACTTGCTGAGGTTATCTAATCTGCTAATTCTTTTGGCAAATGGCTACT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131008967
ATGGCTACTATGGCACCTACTTCTGACTCAAGGGGGTCAGGCAGTCATGCTGTAGGGCTTGATAGTTTGCCTGAGGAGATGAATGACATGAAAATCAGGGATGACAAGGAAATGGAAGCAGCAATAGTAGATGGCAATGGGACCGAGACAGGTCACATAATAGTGACTACTATTGGCGGTCGAAATGGCCAGCCAAAGCAGACAATTAGCTACATGGCAGAACGTATTGTTGGACAAGGGTCATTTGGAGTAGTATTTCA...
LOC131008967
ATGGCTACTATGGCACCTACTTCTGACTCAAGGGGGTCAGGCAGTCATGCTGTAGGGCTTGATAGTTTGCCTGAGGAGATGAATGACATGAAAATCAGGGATGACAAGGAAATGGAAGCAGCAATAGTAGATGGCAATGGGACCGAGACAGGTCACATAATAGTGACTACTATTGGCGGTCGAAATGGCCAGCCAAAGCAGACAATTAGCTACATGGCAGAACGTATTGTTGGACAAGGGTCATTTGGAGTAGTATTTCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057792104.1
MATMAPTSDSRGSGSHAVGLDSLPEEMNDMKIRDDKEMEAAIVDGNGTETGHIIVTTIGGRNGQPKQTISYMAERIVGQGSFGVVFQAKCLENGETVAIKKVLQDKRYKNRELQTMRLLDHPNIVSLKHCFFSTTEKDELYLNLVLEYVPETVHRVIKHYNKLNQRIPLIYVKLYAYQIFRALSYIHCGIGVCHRDIKPQNLLVNPHTHQVKLCDFGSAKVLVKGEPNISYICSRYYRAPELIFGATEYTTSIDIWSAGC...
XP_057792105.1
MATMAPTSDSRGSGSHAVGLDSLPEEMNDMKIRDDKEMEAAIVDGNGTETGHIIVTTIGGRNGQPKQTISYMAERIVGQGSFGVVFQAKCLENGETVAIKKVLQDKRYKNRELQTMRLLDHPNIVSLKHCFFSTTEKDELYLNLVLEYVPETVHRVIKHYNKLNQRIPLIYVKLYAYQIFRALSYIHCGIGVCHRDIKPQNLLVNPHTHQVKLCDFGSAKVLVKGEPNISYICSRYYRAPELIFGATEYTTSIDIWSAGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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